bioinformatics 相关问题

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Python在上下文后打印行

如何在我对使用python感兴趣的上下文后打印两行。 Example.fastq @ read1 AAAGGCTGTACTTCGTTCCAGTTG +'(''%$'))%**)2 +'。(&&'/ 5- @ read2 CTGAGTTGAGTTAGTGTTGACTC +)(+ - 0 -...

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如何使用tanimoto距离形成网络

我有这样的列数据-1列Column-2 Similarity_dist化学-1化学-2 0.6化学-1化学-3 0.1化学-1化学-4 0.7化学-1化学-5 0.3化学-2化学-...

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perl从2个数组中提取常见元素(fastq文件中的常见序列)

我有2个文件(paired_end),其中包含来自同一生物体的Fastq格式的读取(File_R1.fastq和File_R2.fastq)。我想用bwa和samtools(生物信息学)确定深度覆盖率,因为......

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如何使用lapply来计算r中列表中的唯一值

关于如何从数据帧中计算唯一值,我之前已经问了一个类似的问题,但是我需要使用“lapply”,因为我之前使用的方法不起作用或者我无法得到它...

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如何使用python或R将三个字母的氨基酸代码转换为一个字母代码?

我有一个fasta文件,如下所示。我想将三个字母的代码转换为一个字母代码。我怎么能用python或R做到这一点? > 2ppo ARGHISLEULEULYS> 3oot METHISARGARGMET所需...

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WGCNA中的灰色模块是否有任何大小限制?

WGCNA分析结果为我们提供了几个模块。这些模块是彩色的,也可以用数字编号。通常灰色模块在数字中也标记为0对应于...的集合。

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在python中使用滑动窗口概念的GC倾斜方法

我已经完成了python的初学者课程,我正在研究一个问题,以提高我的编码技能。在这个问题中,我必须通过将整个序列分成......来计算GC偏斜。

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使用python正则表达式在字符串中搜索长度为6或更长的特定重复(mnr)

我有一个制表符分隔的csv文件包含3个以逗号分隔的字段:数字,序列和状态。每行代表不同的序列。输入文件的一个例子,名为sequences.txt:...

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py GR等价于R GRanges中的reduce() - 如何折叠远程数据?

在R中(虽然是longwinded):这是一个测试data.frame df

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