fasta 相关问题

FASTA是用于蛋白质和核酸的序列比对的软件包。 FASTA也是这些程序用来表示肽或核苷酸序列的文件格式的名称。该格式是生物信息学中事实上的标准。

用不同文件中的索引替换 FASTA 文件中的数值。（首选 Bash）

我有一个充满以下格式（依此类推）的fasta文件的文件夹，其中以>开头的行是DNA序列的读取名称，下一行是序列本身。这个...

bash awk sed fasta character-replacement

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如何使用类似 Python 标头的 fasta 将字符串序列格式化为某个预定长度

我有一个名为 input.txt 的文本文件，如下所示。 A C H E C Q D S S C H C R Q K L E D T S C H L E D V G K M N T Y H C G E G I N N G P N A S C K F M L P C V V A E F E N H T E T D W R C K L ...

python python-3.x string fasta

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创建一个函数，将输入的 fasta 文件名（X7.fasta）和输出的 fasta 文件名（X7_genes.fasta）作为输入，并一次完成所有步骤

您好我整天都在尝试解决这个问题。尽管如此，我正在寻找如何创建一个函数，将一个 fasta 文件作为输入，另一个 fasta 文件作为输出，并且...

python function fasta

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删除 fasta 文件中的单词列表

我有一个这样的fasta文件： solper_LA1333_DN23684_c0_g1_i1.p1>solper_LA1333_DN23684_c0_g1_i4.p1>solper_LA1333_DN23684_c0_g1_i6.p1>solper_LA1333_DN23684_c0_g1_i8.p1

linux filter sequence fasta

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用“类似于”之后的下一个词更改 fasta 标题

（交叉发布到 Biostars：https://www.biostars.org/p/9562110/）我有一个带注释的 fasta 文件，我想在 > 下一个单词“类似于”之后添加到第一个位置 >_Anouracaudifer_000...

python bioinformatics fasta

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有没有办法使用 Python 从 UniProt 中获取蛋白质序列？

我正在寻找一种通过在输入中指定蛋白质 UniProt ID 从 UniProt 检索 FASTA 文件的方法。我的目标是创建一个能够创建 FASTA 文件的 Google Colab，我可以在其中指定...

python google-colaboratory bioinformatics fasta

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使用 PowerShell 为多个 .faa 文件将文件名添加到以“>”开头的字符行

我有 100 个包含蛋白质序列的 FASTA 存储在一个目录中。我需要将它们各自的文件名添加到每个 FASTA 标头中（字符串字符串以“...

powershell bioinformatics fasta

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在 UNIX 中重命名 fasta/fastq 文件中的条目

我有 x 个读段的 fasta 文件，我想重命名每个读段的 ID。我的文件如下： >e855552f-9484-4674-8fc4-d9b1f1add023 runid=4140cbe7f7cd36a17a00b732f27dd37bd09e4380 sampleid=mari...

sed sequence bioinformatics fasta

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我正在尝试使用 for 循环将 fasta 文档转换为 python 中的字典，但只捕获了我的最后一次迭代

我正在尝试编写代码来创建一个字典，该字典读取 fasta 文档的 dna 序列，其中 dna 序列的名称在包含...的行的开头用“>”表示...

python for-loop bioinformatics fasta

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将数据框中的 fasta 文件拆分为第 4 列并重命名，在 R 中

//#我有一个 fASTA 文件，我想将其放入一个包含 4 列的表格中＃代码安装.packages（“seqinr”）图书馆（“seqinr”） DNASEQ<- read.fasta(file = "C:/Users/user/Download...

r dataframe file fasta

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如何从fasta计算距离矩阵？

我想执行以下操作，但我遇到了困难。我想将 multifasta 文件中的氨基酸序列转换为具有欧氏距离和皮尔逊相关性的矩阵（或向量）

r bioinformatics fasta

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Cannot import name 'TextFace' error while using ETE3 for Phylogeny Tree

我正在尝试安装 ETE3 进行系统发育分析，但在安装时显示错误：无法导入名称“TextFace” 我尝试了所有可用的选项，但未能成功。任何帮助都是

python bioinformatics fasta phylogeny ete3

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将 3 行行中的最后两行合并在一起

我想将第 2-3 行合并在一起并保留第 1 行。这是我的文本示例 >chrX:147147161-147148161 ATGATGGTGATGTACAGATGGTTTTTGG TTATCTAATTCATGTGTTGGTCAGATCAA >chrY:16119725-

awk sed fasta unix-text-processing

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将多个 FASTA 文件拆分为单独的文件，保留其原始名称

我正在尝试使用之前发布在该论坛上的 AWK 脚本。我正在尝试将包含多个 DNA 序列的大型 FASTA 文件拆分为单独的 FASTA 文件。我需要分开...

awk split sequence fasta

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如何只保留一行的第二个字段并打印这一行和下一行？

我有一个包含 2 行的 fasta 格式的文件：第一行以符号 > 第二行字母。我只想保留第一行的第二个字段（逗号分隔符...

linux bash fasta

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在 C++ 中读取 fasta 文件的最有效方法是什么？ [关闭]

我正在编写涉及对大型 fasta 文件进行迭代的性能关键代码，其中某些行可能多达数十万个字符。到目前为止我一直这样做的方式是： #在...

c++ fasta

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如何在R中使用for循环将fasta分成两列而不使用任何包？

我有一个fasta文件，它看起来像下面的，还有其他头和相应的序列。我如何写一个带有 "for循环 "的代码，将其转换为一个数据帧，其中ORF名称是......

r for-loop sequence fasta

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如何对单个字典中的值进行配对比较？

我有一个包含DNA序列的fasta文件，我想对每个DNA序列进行配对比较。Fasta文件包含这样的形式：>dna1 TAGTACTGACCATGGCGTTTGTTG >dna2 ....

python dictionary comparison fasta dna-sequence

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如何在R中合并FASTA文件？

我有四个独立的FASTA文件，我想把它们合并成一个大的FASTA文件。到目前为止，我已经使用Biostrings软件包分别读取每个文件。

r merge fasta

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从fasta文件中提取所有序列，核苷酸A在第10位。

我试图从一个更快的文件中提取所有的序列，在位置10有一个A。这是我唯一的要求。我已经找到了相当多的答案，但不幸的是，人们一直在寻找...。

unix fasta

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