bioinformatics 相关问题

仅将此标记用于与生物信息学相关的编程相关问题。其他问题不属于此处，但可能是https://bioinformatics.stackexchange.com/上的主题。有关更多信息，请参阅标记维基。

EdgeR 中相关系数的意义？

如何计算或提取edgeR 中GLM 中系数的p 值？我想凭经验衡量每个系数对模型的贡献。作为参考，我的设计是：

r bioinformatics

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SIMD：逐个字符比较两个字符串并找出匹配的总数

我正在开发一种生物信息学工具。我对应用 SIMD 来提高其速度感兴趣。给定两个长度相等的字符串，我想快速计算这两个字符串的索引总数...

c++ parallel-processing bioinformatics simd

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在服务器上使用 cytoscape

我正在尝试在我的实验室中实现 cytoscape 并将其安装在我们通过 ssh 从自己的终端访问的中央服务器上（使用 x11 转发）。我确实找到了 Scooter Morris 的答案......

server bioinformatics cytoscape

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Cytoscape 与 STRING 比较一长串蛋白质

我的大学项目正在进行中，我遇到了一个问题。我有一长串大约 1000 种蛋白质的列表，我想在 STRING 中分析它们，但是，我的列表太大了。我决定...

bioinformatics cytoscape

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将 smi 文件从锌转换为数据帧

我的项目是从锌和其他数据库中获取一些与特定激酶酶相关的化合物和小分子。我尝试了几种方法从 zincid 或 pubchem id 下载微笑...

python pandas bioinformatics chemistry cheminformatics

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使用 Selenium 访问网站时出现“DisallowedHost”异常

我正在尝试使用 selenium 访问网站以实现自动化数据分析。该站点是 http://dbtoolkit.cistrom.org/ 。我正常访问该网站没有任何问题，但是当

python selenium-webdriver bioinformatics

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如何绘制蛋白质结构的自由能图？

我知道这个问题不适合这个平台，但如果我能得到一些提示，我可以尝试，我一直在尝试绘制蛋白质结构的自由能景观（“Chignolin”...

python bioinformatics protein-database

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使用 deSolve 和函数时的浮点误差、阈值

我正在尝试构建一个简单的病毒动力学模型，为此我编写了一个对三种不同速率的常微分方程进行建模的函数。由于某种原因，尽管其中一个常微分方程中有负项，但当我求解时...

r simulation bioinformatics modeling

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在带有配对样本的设计矩阵中包含年龄、种族等变量（EdgeR）

我正在使用 EdgeR 分析患者治疗前后的差异 RNA 表达。我主要感兴趣的是哪些蛋白质受到治疗的不同影响。其次，...

r bioinformatics

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编码变量 a、b、c 以匹配来自另一个数据点的变量 x

在 R 中做一些生物信息学，我对此很陌生。在我的数据集中，每个患者有两个数据条目。然而，仅记录其中一项的患者特征。要做

r bioinformatics data-manipulation

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如何在Cytoscape中制作没有边缘的聚类图？

我是 Cytoscape 的新手，想要可视化类似于下图所示的聚类图。在此输入图像描述但是，我还没有找到办法做到这一点。请帮助我克服这个问题

visualization cluster-analysis bioinformatics cytoscape genomics

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通过WSL在Windows中安装bowtie2等生物信息学软件包

我正在尝试用Python开发一个GUI来分析tRNA-Seq数据，它可以在Linux和Windows中运行。为此，需要运行一些程序，例如：bowtie2、samtools 或 bedtools，它们可以是

python cmd conda bioinformatics windows-subsystem-for-linux

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Snakemake：将代码库与原始数据和结果分离的最佳实践？

我是 Snakemake 的新手，我制作了一个对我的团队非常有帮助的管道。到目前为止，我已经运行了两批数据。为此，我创建了两个具有以下结构的单独目录克隆，...

python bioinformatics snakemake

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从 Saezlab 安装 LIANA R 软件包时遇到问题

我正在努力安装藤本植物。我最初按照 saezlab GitHub 上的安装说明进行操作，但收到此错误：遥控器::install_github('saezlab/liana') 错误：无法安装“未知的 pac...

r installation bioinformatics

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Fastq.gz 文件的奇点命令识别问题

我正在使用 Snakemake 和 Singularity 开发猎枪式宏基因组学管道，但在尝试在 Snakemake 中执行 Singularity 命令来分析 fastq.gz 文件时遇到困难。

linux docker permissions bioinformatics singularity-container

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使用biopython查询NCBI不同物种的基因组版本

从 base_entrez_fetch 读取 NCBI 输出时，不同物种的基因组版本似乎存储方式不同。例如，在斑马鱼中，可以在以下位置找到它：测试=base_entrez...

python bioinformatics biopython ncbi

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R 中的组合表：第一个表中的条目嵌套在第二个表的每个条目下

我有以下两个表，ProteinList 和 PeptideList。每种蛋白质有多种肽。我想制作一个组合表，其中每个肽列表都嵌套在蛋白质 e...

r merge bioinformatics

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ModuleNotFoundError：没有名为“scanpy”的模块（python）

我已经安装了scanpy，当我用pip检查时显示它在那里： C:\Users\plain>pip show scanpy 名称：扫描版本：1.8.2 摘要：Python 中的单细胞分析。主页：http://github.com/

python bioinformatics scanpy

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如何从Python对象派生snakemake通配符？

我正在学习snakemake来开发基因组学管道。由于输入/输出很快就会变得非常多样化，我想花一些额外的时间来了解构建 Snakemake 的基础知识

python bioinformatics snakemake

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残留接触图

如何使用Biopython从PDB文件计算蛋白质残基接触图，最终接触图作为.npy文件存储在Numpy数组中。如果可以的话，请给我一些明确的指导或

bioinformatics biopython protein-database

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