bioinformatics 相关问题

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R 中的子集 clusterProfiler 比较 ClusterResult 对象

我正在使用 R 中的 clusterProfiler 包进行基因集富集分析。我的基本代码可以工作，但我想对结果对象compareClusterResult 进行子集化，使其仅包含

r subset bioinformatics rna-seq

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从 obo 格式的文本文件获取命名空间

我想要一种方法从 OBO 格式的文件中提取与每个 GO 术语关联的命名空间：我尝试过使用 obo 转换器到 txt 文件 https://github.com/PNNL-Comp-Mass-Spec/OBO-Data-Conv...

r unix bioinformatics genetics genomics

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从obo文件获取命名空间

我有一个 GO 术语列表，我想在使用 obo 数据库解析它们时获取它们的名称空间我尝试过使用 obo 转换器到 txt 文件 https://github.com/PNNL-Comp-Mass-Spec/OBO-Data-Con...

r unix bioinformatics genetics genomics

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BiocParallel 错误。未找到条形码文件

我目前正在尝试在 R 中使用 SingleCellExperiment 和 DropletUtils 实现管道。我已经收到错误有一段时间了，我已经厌倦了修复它，但没有任何效果。 ...

bioinformatics

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计算文件中由特定字符分隔的行数和字符数

我有一个fasta文件： >1 AGGGTCACGTAATGCTGATCCAGTCTTGTTTTTTTTTCATTCATGTTCCCGCTCTTGCT TTGATTCCGACTTCTAACGTTTAACCTGTGATCAGACGTTTCACTGCTCCATATTTTACG TGTGCCTGCCGGTCATCTTGGGTAGAGTTAGCATATCC >2

awk bioinformatics fasta

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Slingshot（轨迹推理分析）

我在使用 Slingshot 执行轨迹推理分析时收到此错误。我无法理解实际的问题是什么。如果有人有任何想法，请帮助我。我安装了...

r bioinformatics meteor-slingshot

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如何将 Bowtie2 下载到我的 MacBook 上？

我被告知我需要首先创建一个在 Python 3.5 上运行的虚拟环境。我尝试使用命令： conda 创建-n p35env python=3.5 但我不断收到消息：（底座）Drews-MacBook-Pro：~

anaconda bioinformatics bowtie2

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查找矩阵中元素的行索引 <0.001, excluding certain rows

我正在 MATLAB 中使用 Cobra Toolbox 执行双基因敲除研究，生长比率的输出是一个 100 x 100 的矩阵，称为 grRatioDble。我需要找到 el 的行和列索引...

matlab matrix bioinformatics

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ContainerAlreadyContains 使用 Cobra 进行优化时出现错误

我正在尝试使用 Cobra 进行优化，为两种生物体创建合作社培养基。为此，我设置了约束和目标，就像文档中所解释的那样。可悲的是，我的代码专业...

python optimization bioinformatics

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awk 合并 col 值在范围内的文件

我有一个选项卡 delim dataset1 NC_044998.1 14582 80739 LOC100221041 NC_044998.1 31388 68748 DCBLD2 NC_044998.1 80874 299341 CMSS1 NC_044998.1 112495 297570 菲利普1L NC_0449...

awk bioinformatics bed

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Perl：匹配数组元素，然后将上一个（后面 5 个索引）数组元素复制到新数组

本质上我想做的是搜索一个大文本文件来识别每个显示“未找到匹配项”的元素，并将匹配的标识符复制到新列表中。我对第一个很好...

regex perl bioinformatics fasta regular-language

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如何使用 Bash 脚本查找 FASTA 文件的 GC 内容？

我想使用 Bash 脚本从 FASTA 格式文件中查找 GC 内容。 GC含量基本上是((G+C)的数量)/((A+T+G+C)的数量)。我正在尝试使用 wc 命令。 ...

linux bash bioinformatics fasta dna-sequence

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运行 Bowtie2 期间 breseq 出错

我最近尝试使用breseq来分析一些细菌测序数据。然而，当 breseq 使用 Bowtie2 将原始数据与参考基因组对齐时，我遇到了致命错误。这是关键...