bioconductor 相关问题

Bioconductor提供了分析和理解R语言中高通量基因组数据的工具。

我想创建一个带有现有 data.table 的 IRanges 范围 <- IRanges::IRanges( start = x$position, wdith = 1 ) length(ranges) [1] 31253 However, My data.table is a table with...

bioconductor genomicranges

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区分通过 CRAN 和 Bioconductor 安装的软件包 [R]

我在conda环境中安装了一堆R包，我想创建类似于conda env导出的东西，但是在R中。您可以从以下位置获取包名称和版本控制（来源）： ip = 一个...

r environment cran bioconductor reproducible-research

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ComplexHeatmap 包中切片的顺序

我正在 R 中使用 ComplexHeatmap 包，并通过 k 均值聚类（行和列）分割我的热图。行的聚类效果很好。对于列，我得到一个 4 列簇（对照）并且......

r bioconductor

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如何调整复杂热图中轴标签的字体大小？

我正在使用 ComplexHeatmap 在 R 中创建热图。我在这里重新创建了一个小热图。我无法从文档中弄清楚如何调整 x 轴上文本的字体大小。 a = 垫...

r plot heatmap axis-labels bioconductor

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如何最大化R fuzzyjoin/stringdist速度和内存效率

我有2个包含短（长度== 20）序列的数据帧，我想将它们与字符串距离分析技术进行比较，返回高度相似的序列，汉明距离不大于...

r data.table bioconductor stringdist fuzzyjoin

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为旧版本的 R 构建 docker 镜像以利用旧包

我正在尝试使用 R 2.5.0（我知道这很旧）和 affyPara 包（也很旧）构建一个 docker 映像。 affyPara 应受 Bioconductor 版本 2.7 支持，该版本应在

r docker ubuntu dockerfile bioconductor

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更改 R 中 Oncoprint（复杂热图）中特殊列的背景

这是我在这个论坛中的第一个问题，但因为它之前对我有很大帮助，我希望你能帮助我解决我的问题。我正在对肿瘤样本进行遗传分析，并且我已经...

r heatmap bioconductor

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如何修复“错误：包‘....’延迟加载失败”

我正在尝试从bioconductor 安装“celldex”包，但始终获得非零退出状态。我安装了最新版本的 R、RStudio 和 bioconductor（在 MacOS 上）。我正在...

r bioconductor

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将 Enrichlist 转换为 Dataframe

他们是一种将丰富列表从 CBNplot 转换为数据框的方法，这样我就可以使用函数 bngeneplotCustom 吗？ https://github.com/noriakis/CBNplot

r bioinformatics bioconductor bayesian-networks

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DEseq2结果，enrichGO和ENSEMBL ID不匹配

我正在尝试做DEG，然后对结果使用enrichGO。我最初在 DESEQ2 中使用代码 dds=DESeqDataSet(se,design=~TRAIT) dds=DESeq(dds) res=结果(dds) 我目前有 DESEq2 的结果...

r bioinformatics ontology bioconductor

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从 CRAN 安装 R 包不包括 Bioconductor 包

我在 CRAN 上有一个 R 包。当我使用 install.packages("mypackage") 安装它时，我收到警告消息 warning in install.packages : dependency ‘x’, ‘y’ are not available, with ...

r r-package cran bioconductor

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如何通过长长的依赖链自动安装CRAN包所依赖的Bioconductor包？

我有一个 CRAN 上的包 metagam，它通过了 CRAN 的所有自动化测试。但是，该包通过依赖关系链 metagam 依赖于 Bioconductor 包 multtest &...

r bioconductor cran

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ViSEAGO - 感兴趣的基因：“背景”和“选择”文件输入

我正在尝试使用 ViSEAGO 在 Solanum lycopersicum 中对差异甲基化基因 (DMG) 进行 GO 可视化。根据 ViSEAGO 指南 (http://127.0.0.1:27724/library/ViSEAGO/doc/ViSE...

rstudio bioconductor

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调试意外的 S4 方法调度

我正在尝试将 S4 对象（来自 Matrix 包的 dgCMatrix 类的稀疏矩阵）传递给另一个包（Wrench）中的函数。我遇到了一些非常奇怪的行为，我正在努力

r bioconductor r-s4

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Windows 上的 Anaconda Powershell 问题以及通过 .yaml 文件建立环境：“ResolvePackageNotFound:”

我对任何命令行都非常陌生，目前正在尝试从 git hub 存储库建立一个 snakemake 工作流程。 git-hub 仓库中给出的要求是 miniconda 和 sna...

conda snakemake bioconductor

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将捐助者级别的元数据添加到集成的 Seurat 对象

我正在尝试将患者级别的元数据添加到现有的 Seurat 对象中。这包括每个参与者的生化信息，例如血糖、HsCRP、BMI 等。如何将这些数据添加到我的

r bioinformatics bioconductor seurat

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R 一对多映射

meth.genes 是一个字符向量，基于与 meth 数据框的行名相对应的基因名称。然而，这是一对多的匹配，一个基因可以映射到多个ro...

r bioinformatics bioconductor biomart

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在带有 R 4.2.1 内核的 jupyter notebook 中安装 bioconductor 包时出现问题

我正在尝试在 anaconda 中安装 bioconductor 的软件包，当我尝试安装时，许多软件包都会出现以下错误。例如，当我在 anaconda 术语中运行以下命令时...

r bioconductor

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Running fGSEA, not all stats values are finite numbers 错误：

我正在尝试对我保存的数据运行 fgsea 分析：水库<- read.delim ("Rank_fgsea_data.rnk", header=T, colClasses = c("numeric", "character")) res$Gene....

r bioinformatics bioconductor

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从具有 R 中许多物种序列的 fasta 中获取每个物种的共识序列

在 R 中，我有一个 fasta（例如：Andrenidae.FASTA），其中包含来自十几个物种的几百个核苷酸序列。我想为每个物种获得 1 个共识序列。每个序列由 A/C/T/G/N,...

r bioconductor dna-sequence genetics

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