hpc 相关问题

我正在尝试运行具有 Singularity 的 Docker 容器，该容器通过 Wine 执行 Windows 程序（来自 proteowizard 的 msconvert）。此图片：https://hub.docker.com/r/chambm/pwiz-skyline-i-agree-to-the-

linux docker hpc wine singularity-container

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munge/slurm 身份验证问题（协议身份验证错误）

authentication cluster-computing slurm hpc munge

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基于 Infiniband Pkey 的 OpenMPI

我正在尝试通过 InfiniBand Pkey 网络使用 openmpi。我似乎找不到任何有关如何执行此操作的文档。我正在使用 openmpi 4.1.2 和一个简单的ring_c。 mpiexec -n 8 -主机 cn0001-pkey，

hpc openmpi infiniband

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在 lua 中加载模块文件时获取 shell 脚本

我正在编写一些 .lua 文件，用于在 HPC 系统中加载模块。基本上，我想要制作模块的应用程序是 Spack，它有一个自动完成 shell 脚本，用于在 Linux 中使用以下命令获取它：

module lua hpc spack

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停止 SLURM 作业的最正确方法

作为 SLURM + Snakemake 管道的一部分，我有一个脚本将数据库服务器作为 SLURM 作业启动，另一个脚本通过 scancel 停止它。可能不应该使用 HPC 批处理系统

slurm hpc

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如何解释并修复使用 NVIDIA nvc 编译器执行 OpenACC 程序时出现的错误？

我将带有 OpenMP pragma 指令的并行 C 程序翻译为带有 OpenACC pragma 指令的 C 程序，通过删除原始 OpenMP pragma 并添加 OpenACC dire...

parallel-processing openmp nvidia hpc openacc

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HPC（Slurm）上的 NetLogo，无需BehaviorSpace

我想稍微改变一下使用 Slurm 在 HPC 上运行 NetLogo 的工作流程。对于上下文，我并行运行大约 360 个模拟，每个模拟可能需要 5 到 7 天（我知道，效率不高）...

mpi netlogo slurm hpc pynetlogo

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在R中利用多个节点进行并行计算

我可以访问 HPC 系统。假设我有三个可用的节点/系统。各节点详细信息如下： scontrol 显示节点 Arch=x86_64 CoresPerSocket=10 CPUAlloc=20 CPUTot=20 CPULo...

r hpc doparallel

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前缀和并行算法

我正在研究并行求和扫描算法，但我的结果不正确。我正在致力于在 OpenMP 中实现 Hillis Steele Scan。我的函数输出不正确的结果无效

c openmp hpc prefix-sum

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无法将 slurm 节点状态从无效更改为空闲

我正在尝试在使用 Ubunutu 22.04(WSL) 的单个节点上设置 slurm。我按照 https://drtailor.medium.com/how-to-setup-

slurm hpc

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在 HPC 系统上安装 Spack 失败：<unknown file>

我正在按照本教程尝试在运行 CentOS 7 的大型集群上安装 Spack。在引导步骤 spack spec zlib 中出现错误： ==> 错误：：1：[ordereddic...

hpc spack

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Snakemake远程规则重新读取配置文件？

我正在使用snakemake（v7.22.0）在集群上执行多个作业。我有几个不同版本的工作流程，有时会并行执行，其中涉及更改配置文件......

automation cluster-computing snakemake hpc

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Mantevo 的原始 HPCCG 是否执行预处理对称高斯 Seidel 平滑器

Mantevo 的原始 HPCCG 执行预处理对称高斯 Seidel 是否更平滑，因为我似乎在代码库中找不到这一步。它仅在 HPCCG.cpp 中执行共轭梯度

c++ mpi openmp hpc

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Slurm 的后处理队列

我的问题不是直接与 SLURM 相关，而是关于如何围绕它组织工作。我可以将我提交给 SLURM 的工作类型总结为两类：属于流程一部分的工作...

workflow slurm hpc organization

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是否有相当于 docker run 的 enroot ？

我有一个简单的容器，是用 Dockerfile 构建的。我正在 Ubuntu-20.04 上运行 enroot-3.4.1-1 和 Docker 版本 26.0.0。我的 Dockerfile 采用一个简单的可执行文件（从 C 编译）...

docker hpc

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