hpc 相关问题

高性能计算（HPC）是指使用超级计算机和计算机集群来解决各种计算密集型问题。

在多个节点上运行 python 脚本的 Slurm 参数

我正在尝试在集群上并行运行 python 脚本，但我发现 slurm 非常混乱。我可以访问不允许我在单个节点上运行脚本的 HPC 集群，我必须重新...

bash parallel-processing slurm hpc openmpi

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bwa 索引文件定位失败

我目前在使用bwa mem时遇到了一些麻烦。我已经为我的参考文件编制了索引，甚至通过 samtools 创建了一个 fai 索引。所有需要的文件都在同一个目录中。但是...

linux shell ubuntu hpc

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Microsoft HPC Pack API：以编程方式设置“首选节点”

您可以通过 UI 执行此操作：如何通过 HPC API 执行此操作？我在 ISchedulerJob 上找不到任何适用的属性。谢谢

c# hpc

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Segmentation fault (11) Error while running a CFD solver in Linux cluster

我正在为许多设计点运行 CFD 求解器（CFD++ by metacomp technologies）。每个设计点都有一个单独的文件夹，其中包含所有需要的文件并用于在 Linux 中提交一个模拟

linux mpi slurm hpc openmpi

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有没有人在HPC上用SBATCH设置成功地在bash中使用shopt -s extglob（扩展glob）？

总结一下：我使用的是bash shell，版本：4.2.46(2)。4.2.46(2)-release，我想提交一个批处理作业脚本到slurm作业调度器，在脚本中我使用了扩展的globbing，是用shopt打开的...。

linux bash hpc slurm sbatch

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Chapel中的回调功能

我有以下Chapel代码。 proc update(x: int(32)) { return 2*x; } proc dynamics(x: int(32)) { return update(x); } writeln(dynamics(7)); 我想发送一些回调到 ...

hpc chapel

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相当于Octave在Chapel的 "meshgrid"。

Octave提供了一个名为meshgrid的实用函数，可以生成点域。这在大规模模拟中对评估某些点的函数非常有用。通过Chapels Domain功能，...

simulation hpc chapel

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对fastutil基元ArrayLists（如IntArrayList）进行迭代的最佳实践？

从Java中的fastutil库中读取迭代IntArrayList最好的是什么？ fastutil是一个用于提高性能的库，高于标准库的集合... ...

java arraylist hpc fastutil

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在不同架构的集群上应该指定哪些AVX和march？

我目前正在尝试使用英特尔编译器编译软件，以便在HPC集群上使用。登录节点，也就是我编译和准备计算的地方，使用的是Intel Xeon Gold 6148处理器， ...。

c compiler-optimization hpc avx icc

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如何在HPC上访问和查询mongodb？

我想使用pymongo对MongoDB数据库进行并行查询。我使用的是一个HPC系统，它使用Slurm作为工作负载管理器。我的设置在单个节点上运行良好，但...

python mongodb pymongo hpc slurm

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如何在slurm id的同一个节点上运行一个多输入的python代码？

我想运行一个python程序10次，并将不同的输出文件保存为output_1、output_2、output_3......等等。它可以使用1个处理器和10个线程来运行。我可以使用96个CPU，在一个 ...

python parallel-processing cluster-computing hpc slurm

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我曾多次读到，在HDF5中开启压缩功能可以提高读写性能。我想知道，在：data_df......的理想设置下，可以实现良好的读写性能。

pandas compression hdf5 hpc h5py

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我如何分析在Windows（AMD Ryzen处理器）上运行的C ++代码？

我有一个在Windows10（AMD Ryzon处理器）上运行的C ++应用程序，我正在对其进行基准测试和优化。谁能在AMD Ryzen下推荐性能分析工具...

c++ windows-10 profiling hpc amd-processor

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使用Slurm Scheduler在多个节点上运行MPI作业

我正在尝试运行具有特定任务/节点配置的MPI应用程序。我总共需要运行8个MPI任务，其中4个在一个节点上，另外4个在另一个节点上。这是我正在使用的脚本文件：＃！/ ...

mpi hpc slurm intel-mpi

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教堂中分散的子阵列的有效收集和转移

最近，我遇到了教堂。我喜欢这些教程中提供的示例，但在我看来，其中许多令人尴尬地平行。我正在研究多体量子物理中的散射问题...

parallel-processing hpc low-latency chapel parallelism-amdahl

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我如何同时在多个目录中执行SLURM脚本？

我想同时从多个目录中执行SLURM脚本。更具体地说，我有十个数组文件夹，编号为array_1到array_10，我要从中执行脚本。 ...

bash hpc slurm sbatch

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分析分布式系统

我想知道跟踪分布式系统中性能瓶颈的可能方法。我知道诸如X-Trace及其后代之类的工具（例如Dapper），但我对...

performance profiling distributed distributed-computing hpc

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我应该更改原始的Python / Tensorflow代码以使其在HPC上更快地运行吗？

如果这个问题太基础，请原谅。我既不熟悉并行化的概念，也从未使用过HPC系统。我正在训练一个深度学习模型，这在我的PC上花费了很长时间。 ...

tensorflow deep-learning hpc

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dask-ssh在hpc上失败：没有可用的身份验证方法

[当我尝试运行命令：dask-ssh sn010 sn179时，我得到以下信息：Dask.distributed v2.12.0 Worker节点：0：sn010 1：sn179调度程序节点：sn010：8786 [dask-ssh]：SSH ...

dask hpc slurm

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如何使用Slurm C API获取内存使用信息？

我正在寻找使用C API从Slurm获取每个作业的内存使用情况信息的方法，即使用的内存和保留的内存。我以为我可以通过调用slurm_load_jobs（...）获得此类统计信息，但是...

c api memory hpc slurm

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