hpc 相关问题

高性能计算（HPC）是指使用超级计算机和计算机集群来解决各种计算密集型问题。

我应该如何为特定 GPU 修改 GCC 运行时编译器选项

使用 GCC 编译器和 OpenMP 编程，我现在正在开发一个将数据卸载到 Nvidia GPU 的项目。我需要一些帮助来解决问题。默认设置使用虚拟 GPU t...

gcc gpu openmp hpc ptxas

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Snakemake 包装器在没有互联网的情况下无法在 SLURM 集群计算节点上工作

我正在尝试在 SLURM 集群上的管道中使用包装器，其中计算节点无法访问互联网。我首先使用 --conda-create-envs-only 运行了管道，然后更改了

bioinformatics slurm snakemake hpc

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如何在没有互联网的情况下在 SLURM 集群计算节点上使用 Snakemake 包装器？

我正在尝试在 SLURM 集群上的管道中使用包装器，其中计算节点无法访问互联网。我首先使用 --conda-create-envs-only 运行了管道，然后更改了

bioinformatics slurm snakemake hpc

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如何在没有互联网的情况下在 SLURM 集群计算节点上使用 Snakemake 包装器？

我正在尝试在 SLURM 集群上的管道中使用包装器，其中计算节点无法访问互联网。我首先使用 --conda-create-envs-only 运行了管道，然后更改了

bioinformatics slurm snakemake hpc

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slurm：优先考虑需要较少系统资源的作业

如何为需要较少系统资源的 Slurm 作业提供高优先级？假设系统资源仅基于 CPU 和内存使用情况。我查看了 Slurm 文档并提出问题......

slurm hpc

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如何追溯MPI集体例程的个体点对点事件？

MPI Collective 例程是使用 p2p 例程实现的。我试图找出哪些 p2p 事件（在发送者、接收者、消息大小方面）构成了集体例程。换句话说，我想...

mpi cluster-computing hpc mpich intel-mpi

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如何在 SLURM 上正确设置 Snakemake？

管理员暂时阻止了我，因为我的作业正在登录节点上运行。我不确定我是否正在设置 SLURM 配置文件并正确调用 Snakemake，因为我遇到了一些问题......

slurm snakemake hpc

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检查运行作业的sbatch脚本

从 sbatch 脚本运行 slurm 作业时，是否有命令可以让我查看用于启动该作业的 sbatch 脚本中的内容？例如 sacct 告诉我我在 SLURM_JOB_ID.3 上...

slurm hpc

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在 slurm 集群中运行脚本时如何修复 perl 语言环境设置错误？

我想运行一个名为 trinity 的程序，该程序使用我研究所的高性能集群部分用 perl 编写。我使用 conda 来安装 trinity 并尝试通过提交 ...

perl locale slurm hpc

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wget 无法在 HPC 集群的计算节点上下载 FASTQ 文件的 FTP 链接

我必须下载大约 15k 个 FASTQ 格式的 SRA 文件，我有 FTP 链接。相同的格式如下： wget 'ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR848/002/SRR8482202/SRR8482202_1...

wget hpc

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MPI中需要从多个slave进程接收数据数组到Master进程

我正在为 MPI 发送和接收而苦苦挣扎。我有 5 个从属进程，它们正在向根（主）进程发送一个包含 3 个数据的数组。发送代码如下： //从进程...

c++ mpi hpc

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如何在 SLURM 中分配内存？

我是 Slurm 的新手。下面，我想执行一个 Python 文件，它需要 92.3GiB。我分配了 120GB，但我的代码仍然返回内存错误。提交_venv.sh #/bin/庆典 #SBATCH --account=melchua #SBAT...

python memory memory-management slurm hpc

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在 HPC 上运行并行 python 程序

我曾经在服务器上使用 python 进行一些可并行计算，现在我想迁移到在 SLURM 上工作的 HPC，但我相信我有一些概念上的问题。我的计算需要矩阵...

python distributed hpc

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Slurm 作业导致执行时间异常

我有这样的工作脚本， #!/bin/庆典 #SBATCH -p cs #SBATCH -e %j.err #SBATCH --时间=40:00 #SBATCH --output=slurm-%j.out #SBATCH --cpus-per-task=2 #SBATCH --nodes=1 #SBATCH --ntasks=1 # 执行...

parallel-processing openmp slurm hpc

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如何回到父目录？

我想在运行以下脚本时将我的目录更改为脚本的父目录： #!/bin/庆典 #SBATCH --job-name=INCAR #JobName . . . . . . . 。（跳过）模块加载 intel/2020a 模块 l...

linux bash command slurm hpc

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Glob pattern arugments into function not recognized and file not found in bash

我正在尝试编写一个 bash 脚本并将一些全局模式作为参数传递给一个复杂的函数。但是函数无法识别全局模式，我收到了提示，退出

bash shell glob hpc

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如何使在 HPC 集群上的 RStan 中运行贝叶斯模型更高效？

我正在使用高性能计算集群在 RStan 中运行动态贝叶斯潜在变量模型。这是运行模型的代码： # 运行 Stan 模型动态 <- stan(file="

r rstudio bayesian hpc rstan

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如何编写一个 shell 脚本来排队并提交给定的计算（在 fortran 中）指向节点？

我有一个 Fortran 代码（运行良好），我需要提交队列并将其定向到节点。我手动编译了 fortran 代码。 .bash 代码给出以下错误： n19 1个 ...

bash shell slurm hpc

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为什么这个链式矩阵乘法代码会返回分段错误？

我正在编写一个程序来对行数和列数大于 1000 的随机数执行链式矩阵乘法。该程序对 10 个矩阵执行链式矩阵乘法...

c openmp matrix-multiplication hpc

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奇点容器上的 R 控制台在中断命令时以代码 130 退出

我正在尝试从 HPC 上的奇点容器以交互方式运行 R。如果像这样执行，R 控制台会正常运行：奇点执行容器.simg R 因为我需要运行几个 R sessi ...

r containers hpc

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