snakemake 相关问题

Snakemake是一个工作流管理系统，具有Python风格的规范语言。

Snakemake、slurm 和记忆

我很难理解snakemake如何向slurm提交作业。当我有一个基本的 slurm sbatch 脚本时，我通常会添加一行，例如 #SBATCH --mem=5G 确定 slurm 可能使用 5 GB...

memory resources slurm snakemake

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Snakemake：AttributeError：'通配符'对象没有属性'sample

InputFunctionException：错误： AttributeError：“通配符”对象没有属性“样本” 野生...

python wildcard attributeerror snakemake

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规则 build_veins 中缺少输出异常

我正在尝试运行 Snakemake -jall 来构建 Serpentine 场景。我收到此错误：文件 /serpentine-env/Snakefile 中的规则 build_veins 中的 MissingOutputException，第 33 行：工作 9 成功完成...

omnet++ snakemake veins sumo

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如何防止snakemake在测试套件失败后停止？ [重复]

我正在尝试使用snakemake自动化集成测试（我需要一些文件的输出，所以这似乎是一个很好的工具）。然而，当我需要在 pytest 中运行两个测试套件时，

python pytest snakemake

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如何在 Snakemake 中将 stderr 和 stdout 重定向全局设置到日志文件中？

我正在使用snakemake来构建工作流程。我希望所有规则的stderr 和stdout 默认情况下分别重定向到文件logs/{rule}/{wildcards}.o 和logs/{rule}/{wildcards}.e 中。怎么...

snakemake

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在snakemake中执行字符串对和输出的规则

我正在尝试学习snakemake并实现一个简单的工作流程：从文件中读取所有行为每一行执行一个 shell 命令将输出重定向到单独的文件我正在运行以下

python python-3.x shell snakemake

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在 Snakemake 中通常无法使用星号作为 glob 模式

我想在 Snakemake 规则文件的 shell 部分中使用星号作为 glob 模式来代表“除 / 之外的任何字符串”（如 glob 维基百科所述）。但注意到我不能...

python shell glob snakemake

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不带输出指令的snakemake规则

假设我有一个像这样的snakemake规则：规则测试：输入：myfile=“myfile.txt”，参数： test_out = "测试", shell: "工具 {input.myfile} -p ~/desktop/{params.te...

python snakemake

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有没有办法为ruleorder提供函数？

是否可以为ruleorder提供一个函数，像这样？ def确定_规则顺序（通配符，配置）： Samples_file = pd.read_table(config['sample_file'], sep=' ') 样本布局 = 样本_...

python wildcard snakemake

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snake在输入和输出中使用不同的通配符

我正在尝试实现以下目标：将我的工作流程应用于一组染色体，每个染色体都有多种方法。因此，输入始终是一个带有一个通配符字符的文件，而输出将...

snakemake

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从输入文件定义 glob_wildcards（多个）时如何避免隐藏文件

我试图根据输入目录定义通配符。目前，我的解决方案如下所示：文件= glob_wildcards("输入/{有机体}/{基因}/{序列}.txt") 然而，我注意到...

wildcard snakemake

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有没有办法在新创建的文件上使用 glob_wildcard 函数，并在 Snakemake 中将该函数用作规则 all 中的通配符？

我正在构建一个 Snakemake 管道，它对序列进行聚类并输出每个聚类的登录号文件。我不知道会产生多少集群。我想生成一个wi...

python snakemake

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snakemake 7.32.4 中的堆栈 process_radtags

我一直在尝试将我的SLURM脚本转换为snakemake，我对此不太熟悉。我有来自 5 个池的双端读取。每组 fastqz 都按池位于其自己的目录中。这是我的

python stack pipeline snakemake

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snakemake：从目录结构读取输入文件并创建通配符

我希望创建一个管道，可以接受多个输入文件，将各种工具应用于输出，并产生所需的结果。我的输入/目录模式如下所示： - 有机体_A...

wildcard snakemake

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如何在 R 脚本中的 Snakemake 中合并通配符？

我面临以下问题：我在 Snakemake 中有一条规则，看起来像这样：规则一些规则：输入：表格 = 展开("结果/{tables}_table.txt", 表格 = ["1", &

r workflow wildcard snakemake rscript

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无需从头开始即可在 Snakemake 工作流程的多组输入之间切换

我正在构建 Snakemake 工作流程来分析外显子组测序数据。该工作流程需要一个样本的输入文件集；有时，我需要处理其他样本，但我该怎么做才能选择......

workflow snakemake

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Snakemake 工作流程在 SLURM 上成功完成后发送电子邮件

使用 --slurm 选项时，有没有办法在 Snakemake 工作流程完成后发送电子邮件？像这样的东西：成功时：电子邮件（[email protected]，标题=“Snakemake 工作 xxx 已完成

python python-3.x shell email snakemake

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Snakemake：横向 DAG 深度优先？

Snakemake 似乎以广度优先的方式遍历 DAG。是否可以（例如通过选项/标志/等）强制snakemake深度优先遍历DAG？

python snakemake

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管理 Snakemake 中的包装器

我正在尝试使用配置文件 config.yaml 制作 Snakemake 管道。 --- 样品： - Sample_1：读取/raw_reads_1 - Sample_2：读取/raw_reads_2 - Sample_3：读取/raw_reads_3 参考：...

wrapper snakemake

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Snakemake 无法产生输出

我正在尝试在两个配对文件（1.fq.gz 和 2.fq.gz）上运行 fastqc。跑步： Snakemake --use-conda -np newenv/1_fastqc.html ...产生看起来像明智的 DAG：构建就业 DAG... 工作...

output conda snakemake

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