snakemake 相关问题

Snakemake是一个工作流管理系统，具有Python风格的规范语言。

如何在 SLURM 上正确设置 Snakemake？

管理员暂时阻止了我，因为我的作业正在登录节点上运行。我不确定我是否正在设置 SLURM 配置文件并正确调用 Snakemake，因为我遇到了一些问题......

slurm snakemake hpc

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在带通配符和不带通配符的管道中的多个位置使用相同的规则

使用 snakemake，我试图将相同的规则应用于 N 个独立文件和一个文件，该文件是所有这些 N 个文件的合并。我创建了一个最小示例，您可以在下面找到它。这样做：我...

python snakemake directed-acyclic-graphs

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如何让多个用户在 snakemake 中运行相同的管道 - 元数据权限问题

我有一个管道，我们希望将其存储在一个共享空间中，以便我们所有的分析师都可以访问和使用它，而无需复制回购/奇点容器。问题是当一个人...

python permissions snakemake directed-acyclic-graphs collaboration

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Paramspace 与 MissingInputException 尽管正确扩展

我的工作流程大概是这样的：将熊猫导入为 pd 从 snakemake.utils 导入参数空间 TEMP_DIR = "温度" 字符 = 22 # 为 QC 值设置参数空间：参数空间 = 参数空间...

snakemake f-string

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Samtools 共享库 libcrypto.so.1.0.0 未找到

我正在尝试使用从 main.yml 文件安装的包运行 snakemake 管道。包的依赖项之一是 samtools，以前，将依赖项列为 samtools 没有...

python package conda snakemake

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在Snakemake中插入运行Rscript的问题

我写了一个包含用于绘图的 Rscript 的 snakemake，例如：规则 R_drawing：输入： “XXX.tsv” 输出： “XXX.pdf” 脚本： “./尾巴.R”

snakemake rscript

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Snakemake：如何在所有规则中包含配置参数

我在 Python 和使用 Snakemake 方面还很陌生，我正在尝试使用配置文件更轻松地修改我的参数并将它们输出到不同的文件中，但我被困在 ru 的定义中......

parameters config wildcard snakemake

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找不到通配符

所以我对通配符有点困惑。我想获得具有扩展功能的输入文件列表。这些文件存在并由其他规则使用这些“通配符”创建 - {output_n ...

snakemake

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模块化：为模块使用 GitHub 存储库中的 config.yaml 文件

我想使用现有的 snakemake 工作流程（technology_data）作为另一个工作流程（我们称之为 w）的模块。目前我手动下载（每当设置新的工作流程时）GitHub

snakemake pypsa

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带有多个通配符的snakemake，一个常规和另一个动态

我有如下所示的输入文件： 93965_0_0_16000_16000.tif 93965_0_16000_16000_12799.tif 93965_16000_0_14548_16000.tif 93965_16000_16000_14548_12799.tif 93966_0_0_16000_16000.tif

snakemake

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Windows 上的 Anaconda Powershell 问题以及通过 .yaml 文件建立环境：“ResolvePackageNotFound:”

我对任何命令行都非常陌生，目前正在尝试从 git hub 存储库建立一个 snakemake 工作流程。 git-hub 仓库中给出的要求是 miniconda 和 sna...

conda snakemake bioconductor

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Snakemake 展开字典，保留通配符

我有如下字典：数据 = { “group1”：[“a”，“b”，“c”]， “group2”：[“x”，“y”，“z”] } 我...

python snakemake

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为 snakemake 管道按文件名模式过滤目录中的文件

我有一个目录，其中包含具有以下模式的文件：..json。一些 ID 重复，日期不同。我想用每个 ID 的最新日期过滤文件。我怎么能

python snakemake

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使用 for 循环访问 snakemake 中不接受列表的参数的输入

我想使用 gatk MakeVcfSampleNameMap 工具生成一个制表符分隔的文件，将样本名称映射到 Snakemake 工作流程中相应的 VCF 文件。这些 vcfs 在目录 input/

python snakemake

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snakemake中如何使用通配符合并不同通配符的文件？

我正在使用 snakemake 来分析从基因组测序中获得的数百个文件。根据每个样本的测序质量，平台必须进行第二次测序，所以...

python bash workflow wildcard snakemake

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How to rename files with snakemake with a dictionary in config file?

我目前有在配置文件中的字典帮助下基于模式匹配使用 snakemake 重命名某些文件的问题。输入通配符不再匹配输出通配符

python configuration workflow snakemake

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作为 Snakefile 输出的函数或字典理解

我有一个带有高度冗余输出的 Snakemake 规则（此处已简化）：规则冗余：输出： a_x = "prefix_a_x.ext" b_x = "prefix_b_x.ext" a_y =...

python python-3.x python-3.7 snakemake

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如何在 snakemake 的规则中运行 for 循环时转义 MissingOutputException

我有以下蛇文件：导入操作系统 SAMPLES = [i.replace('sample_', '') for i in os.listdir('final_raw')] 统治一切：输入：展开（'分析/结果/未映射/混合/读取1_{样本...

bioinformatics snakemake

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目标规则不能包含通配符。请指定具体的文件或没有通配符错误的规则

我有一个 snakemake 脚本 # 最小的例子配置文件：“../snakemake/config.yaml” 导入操作系统规则生成包括：输入： archaic_inc=config['input']['archaic_include'...

python bioinformatics snakemake

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ModuleNotFoundError 在 Snakemake 中使用 conda env 运行 Jupyter Notebook 时

我最近尝试在我用 Snakemake 制作的 jupyter notebook 中使用 Scanpy python 包。 Scanpy 安装在我在 Snakemake 的 .yaml 中明确说明的 conda 环境中。跑步时...

python jupyter snakemake

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