Snakemake是一个工作流管理系统，具有Python风格的规范语言。
Snakemake管道运行规则1的一个实例以生成多个文件，然后每个文件运行规则2的一个实例
我想使用snakemake运行第一个规则的一个实例，该规则接受一个输入文件并创建多个输出文件。然后，我想将每个输出文件作为第二条规则的输入。我只想要...
我是蛇制作的新手，我不知道如何解决这个问题。我的规则有两个输入：规则测试input_file1 = f1 input_file2 = f2 f1在[A {1} $，A {2}£，B {1}€，B {2}¥]中...
Snakemake-尝试使用global_wildcards时出现问题（TypeError：预期的str，得到了列表）
我是使用Snakemake的新手，也不是Python方面的专家，所以答案可能很明显。在我的测试中，工作流中的所有内容都可以正常运行，直到我尝试使用glob_wildcards以便...
我从本地计算机与远程服务器上的ssh连接，我想在远程服务器上运行Snakemake，我希望将其用作规则输入，该文件位于本地计算机上，当然，因为我...
我正在使用snakemake构建管道，并使用conda和奇异环境来确保可重复性。我遇到了一个错误，我的绘图上的文本被矩形代替了...
使用snakemake运行metabat2，但未获取bin文件
我一直在尝试使用snakemake运行metabat2。我可以运行它，但是metabat2 /中的输出文件丢失了。在使用数据后可以工作的checkM可以正常工作，我只是找不到文件...
我正在尝试使用Snakemake读取.txt文件的大型英语语料库，并在它们上运行python脚本，但是当我运行它时，它似乎完全死机了-我已经将它放置了相当长的一段时间，没有...
我想在蛇文件（而不是通过命令行）中指定奇异的绑定路径（例如，snakemake脚本）。我相信这可以通过snakemake import ...
Snakemake的最新版本（v5.10.10）说，集群配置已被弃用，建议改用配置文件。但是，我没有任何有关如何执行此操作的文档。我如何...
嗨，我一直在尝试将metabat2和checkm放入管道中，以查看样本中存在哪些细菌，但是我一直遇到蛇虫错误。我的snakemake代码是全部规则：输入：[...
我想将两个命令行合并为一个以避免中间文件。 workdir：“ / path / to / workdir /”规则全部：输入：“ my.filtered.vcf.gz”规则工具：输入：...
我有一个简单的功能，可以读取一个文件（一行）并在拆分后获取第一个元素。 def get_wc（wc）：file =打开（wc，“ r”）normalization_value = file.readline（）。split（''）[0] return（...
我想问一下Snakemake社区是否有人在AWS Batch中成功实现Snakemake工作流。 2018年10月的最新出版物的第4页似乎暗示Snakemake不会...
snakemake如何在nas文件系统和群集节点之间传输数据
我们正在开发蛇形管道，我们需要在nas文件系统和群集节点之间传输数据。我们的集群的架构在每个节点中都有一个/ scratch目录。我们需要复制...
我正在尝试构建一个简单的工作流，以将参数列表提供给脚本。举例说明：SAMPLES = ['A'，'B']规则测试：参数：sample = expand（“ {sample}”，sample = SAMPLES）脚本：...
Snakemake工作流程中的MissingOutputException
所以我有以下snakemake规则：SAMPLES = [“ A”，“ B”] READS = [“ R1”，“ R2”]规则fastqc_check：输入：r1 = expand（“ ../../ data / raw / {sample} _ {read} .fastq.gz“，sample = SAMPLES，read = READS）...
我已经在Snakemake中编写了一个管道。这是一条ATAC-seq管道（用于分析来自特定实验的基因组数据的生物信息学管道）。基本上，在合并对齐步骤之前，我使用{...] >>