Snakemake是一个工作流管理系统，具有Python风格的规范语言。
我创建了以下snakemake规则：rule cutadapt：输入：输入输出：输出日志：记录参数：“ -a'A {100}'--nextseq-trim = 20 -m 20” ...
在上一个问题之后得到帮助，此代码创建了目标（两个目录中每个目录中名为“ practice_phased_reversed.vcf”的文件的副本。dirs = ['k_1'，'k2_10']规则全部：输入：...] >
我是蛇制作新手。我有一条规则可以将文件复制到多个文件夹。文件夹是用python制作的。关于多个目标，我一定会误会。以下代码，...
我知道有人问过这种形式的变体（例如https://groups.google.com/forum/#!topic/snakemake/4kslVBX2kew），但我没有确定的解决方案。如果我运行了长时间且复杂的...
问题是，当我将其他子Snakefile文件包含到主Snakefile中时，将永远不会生成子Snakefile文件的输出。如果有帮助，我认为这是可选的“ ...
我正在编写一个蛇形文件，它将对多个样本执行多个操作。验证本地计算机上运行的工作流之后，现在我正在......>
Snakemake语法错误：run / shell / script / wrapper / cwl在规则后没有规则关键字
我的samtools_dup规则存在问题。它说：“ / data / mypipeline.smk的第201行出现SyntaxError：在samtools_dup规则中的run / shell / script / wrapper / cwl之后不允许使用规则关键字。（mypipeline ....
我想将程序ABRICATE（github.com/tseemann/abricate）的多个csv文件结果串联到单个csv文件中。以下snakefile通过fasta文件的文件夹运行...
我试图运行snakemake --tibanna，以使用Tibanna创建的“独角兽”步骤功能将Snakemake部署在AWS上。我似乎找不到改变Tibanna接受的不同参数的方法，例如...
我正在构建一个蛇形管道。我有一个config.yaml文件，我想在其中存储通配符约束。说我在配置文件中有此块：wildcard_constraints：sa mple：'[^ _ /] +'...
这是我在Snakemake上的第一个问题，因为现有的资源和论坛极大地帮助了我解决了我的大部分问题。我目前遇到的问题是我无法制作bash脚本...
Snakemake：如何实现将输入/输出文件复制到tmp文件夹并从中复制规则并在其中应用规则的机制
我们使用Slurm工作负载管理器将作业提交到我们的高性能集群。在作业运行期间，我们需要将输入文件从网络文件系统复制到节点的本地文件系统，然后运行...
我的代码如下：规则my_rule：输入：in_one = rules.some_rule_one.output，in_two = rules.some_rule_two.output，输出：some_output run：with open（input ....
[我有一个简单的python函数，可以接受输入并创建输出def define_overlapping_region（input，output）：fi = open（input，“ r”）fo = open（output，“ w”）df = pd.read_table（ fi，...
Snakemake，使用glob_wildcards跳过子目录的任何方式
我是SnakeMake的新手。我正在尝试使用这个简单的Snakefile自己教它：（IDS，）= glob_wildcards（“ {id} .txt”）print（str（IDS））规则全部：输入：expand（“ out / {id} -1 .txt“，...
Snakemake正在运行Subworkflow，但不是其余的工作流程（直接进入规则All）
我是Snakemake和StackOverflow上的新手。如果有不清楚的地方或想要其他细节，请随时告诉我。我编写了允许转换.BCL Illumina Base ...
snakemake-wrappers是否被获取一次并存储在本地？还是每次都从远程URL获取？
当snakemake包装器与snakemake脚本一起使用时，它们是不是每次都从远程URL获取，还是存储在本地？我看不到它们存储在.snakemake目录中的任何位置，这使得...
我在snakemake中有此规则：输出：结果+文件夹目标+“ /{feats}/{edges}/{labels/predictions_{e}_{n}_{h}_run{r}.csv” dir = directory（结果+文件夹目标+“ / ...