snakemake 相关问题

Snakemake是一个工作流管理系统，具有Python风格的规范语言。

无法打开由snakemake管道生成的pickle文件

我有一个由多个步骤组成的数据分析管道。我已经生成了一个snakemake管道（对我来说是新的），每个任务的输出（以及下一个任务的输入）是一个包含...

python pandas snakemake

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断言错误或snakemake：错误：参数--snakefile/-s：使用 Snakemake 管道时需要一个参数

我正在尝试运行 Snakemake 管道，但它要么遇到断言错误，要么由于某种原因 Snakemake 无法找到 Snakefile。我正在通过 Snakefile 运行管道，一个 co...

python python-3.x bash snakemake

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Snakemake temp()

我已将 Snakemake 连接到 S3 帐户，并且我想在处理管道后删除某些 temp() 文件。我有一条规则将某些文件指定为 temp()。下面是一个例子...

python python-3.x shell bioinformatics snakemake

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将版本添加到管道

是否有任何标准或推荐的方法将版本号添加到管道（在我的例子中用snakemake编写）？例如，我有这个管道，刚才我添加了一个带有

python python-3.x version pipeline snakemake

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Snakemake 中的多行规则顺序

我有3条规则，它们的名字有点长。使用规则顺序时，该行超出了我想要的 80 个字符限制。是否可以将规则顺序分解为多行...

python python-3.x snakemake directed-acyclic-graphs

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Snakemake 在一条规则中处理多个文件

在一条规则中处理文件列表的最佳方法是什么？工作流程工作流程的主要目标是选择原始数据并输出所选数据。工作流程的目录结构...

snakemake

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Snakemake 忽略自定义线程数

对于蛇文件中的所有规则，snakemake 会忽略我设置的线程数：规则修剪：输入： r1="读取/{样本}_R1.fastq.gz", r2="读取/{样本}_R2....

python snakemake

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在集群执行中获取计算节点本地的snakemake环境变量

有没有办法在snakemake的shell指令中延迟计算变量？我们的 PBS 计算集群为每个提交的作业创建一个节点本地暂存目录，并设置 $TMPDIR 的值...

snakemake pbs

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Snakemake 规则文件可以在我的个人电脑上运行，但不能在远程 Linux 计算机上运行

运行此命令： Snakemake -s compores_rules.rules --forceall -c 1 在我的个人电脑上工作，我得到了：职位统计：作业数最小线程最大线程 ----------------...

python linux rules snakemake

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如何使用--slurm在snakemake工作流程中设置足够的资源用于管道输出？

我成功地使用 --profile 和 --slurm 一起在我们的 slurm 集群上运行了相当大的 Snakemake 工作流程，但是如果我将其中任何一个排除在命令之外，我都会收到错误/失败的作业。 ...

pipe resources slurm snakemake

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如何指示 Snakemake 在云执行（K8s/GKE）中从 GCS 存储桶下载“目录”类型输入

我正在尝试制作一个在 GKE.LINK 上运行的教程管道失败的具体规则是规则salmon_quant：输出：目录（“鲑鱼。{样本}”）输入：索引=“

google-cloud-storage snakemake

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在 SLURM 集群上通过 cron 作业调用 snakemake 时提交作业脚本时出错（退出代码 127）

我正在尝试通过 crontab 在 SLURM 集群上运行 snakemake 管道。这是我用来发送到 slurm 的 bash 脚本。 #!/bin/庆典 #SBATCH --job-name=nextstrain snakemake --configfile

cron slurm snakemake sbatch

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为什么 Snakemake 更喜欢使用脚本指令调用脚本而不是从 shell 调用？

标准化工作流程中的 Snakemake 规则使用脚本指令运行 Python 脚本，例如这个模板规则：规则 XXXXX：输入： ..., 输出： ...., 参数： ...

python bioinformatics snakemake

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Snakemake 包装器在没有互联网的情况下无法在 SLURM 集群计算节点上工作

我正在尝试在 SLURM 集群上的管道中使用包装器，其中计算节点无法访问互联网。我首先使用 --conda-create-envs-only 运行了管道，然后更改了

bioinformatics slurm snakemake hpc

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如何在没有互联网的情况下在 SLURM 集群计算节点上使用 Snakemake 包装器？

我正在尝试在 SLURM 集群上的管道中使用包装器，其中计算节点无法访问互联网。我首先使用 --conda-create-envs-only 运行了管道，然后更改了

bioinformatics slurm snakemake hpc

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如何在没有互联网的情况下在 SLURM 集群计算节点上使用 Snakemake 包装器？

我正在尝试在 SLURM 集群上的管道中使用包装器，其中计算节点无法访问互联网。我首先使用 --conda-create-envs-only 运行了管道，然后更改了

bioinformatics slurm snakemake hpc

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一个通配符的值能否让我选择一个特定的通配符以在规则的其他地方使用？

我想我想要一个类似字典结构的东西来关联我的不同通配符列表，但我不确定这是否可行，或者如果可以，如何指定它。在下面的简化示例中，...

snakemake

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Snakemake 和 GROMACS 之间的冲突？

我试图尽可能地简化我的问题，但仍然出现错误。整个想法是我想执行（在更复杂的工作流程中）命令： gmx mdrun -nt 12 -deffnm em...

bash shell slurm snakemake

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如何在不重新运行整个管道的情况下运行 Snakemake 管道的一部分？

我正在尝试测试管道的一部分是否产生正确的输出。我通过向集群提交 bash 脚本来运行 Snakemake，并尝试添加： - 规则 --允许的规则内...

python debugging snakemake

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Snakemake 在规则中使用不同的通配符

我正在尝试创建 snakemake 规则，该规则接收我的 fastq 文件的输入并在输出中为每个 fastq 文件返回一个 .sam 文件。我有一个这样的文件：文件类型 SM LB ID PU P...

python-3.x wildcard snakemake fastq

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