Snakemake是一个工作流管理系统，具有Python风格的规范语言。
将 Docker 与 Snakemake 一起使用（受 Snakemake 文档的启发）并不能提供真正的 docker 容器？
为了改善我的snakemake工作流程的分布，我想将其Docker化。我通常部署软件堆栈的方式是通过 conda 环境（在
Python：未定义的变量：“snakemake”，忽略警告，或者理想情况下自动完成真正的
我正在使用 Snakemake，它相当令人愉快，但如果 VSCode 停止抱怨 Undefined 变量：'snakemake'，我会很高兴。问题是 Snakemake 运行作业的方式...
我正在尝试通过snakemake运行多个fastq文件。这是我现在拥有的代码的一部分： 导入操作系统 导入全局 docker_run = "docker run -v $(pwd):$(pwd) -w $(pwd)" fastqc_image = ...
Snakemake 按照文档中的说明锁定输出文件，但是输出目录呢？ 我的目录中有多个文件，这些文件可能由多个进程读取和写入
我有一个 Snakemake 管道，它在 HPC 环境中运行内存非常密集的脚本。为了不阻塞 HPC，我想为每个示例一一运行此脚本。 现在这就是...
存在一个包含配对读取的目录，配对的名称和数量未知，可能的文件扩展名是.fastq或.fastq.gz。 我需要有关如何最好地在目录中进行配对读取的建议...
我是一名生物信息学学生，我正在尝试使用snakemake来完成映射步骤。我使用的是Linux环境。这是我第一次使用 Snakemake，我在代码中遇到了问题，但我不是
在snakemake规则的日志部分指定日志而不是在参数中指定它有什么好处？
我可以轻松地将其作为日志放在参数部分中，而不是使用规则的日志部分。唯一的区别是附加参数。 {params.log} 的。事实上，通过将其放入参数中，我
我希望能够澄清我对 Snakemake resources 关键字（记录在此处）的一些困惑。如果我在集群上运行作业，此参数是否会从
我需要获取 Snakefile 中命令行上的 --configfile 指定的配置文件名（及其路径，如果有）。有没有办法在不扫描 sys.argv 的情况下获取它？谢谢。
使用snakemake中的检查点恢复具有多个通配符的未知输出文件
我想使用snakemake中的检查点来恢复执行前未知的输出文件。我遵循了这里的示例 https://snakemake.readthedocs.io/en/stable/snakefiles/rules...
我有 config.txt，其中包含配对末端读取的名称： 前进 后退 样本1_forward.fastq.gz 样本1_反向.fastq.gz 样本2_forward.fastq.gz 样本2_反向.fastq.gz 样本3_forward.fastq.gz
有没有办法定义snakemake创建.snakemake文件夹的位置。 我可以使用 --directory 更改整个工作 dic，但这也会更改每个相对路径的存储位置。 我
在 Docker 中容器化 Snakemake 管道，同时还使用 Docker 进行独立的环境控制
我在使用 Docker 构建我的 Snakemake 工作流程时遇到了一些麻烦。 简而言之，我正在尝试对“Snakemake 位”（例如：snakefile、脚本等）进行 dockerize 并独立对 eac 进行 dockerize...
如何在 Slurm 集群上运行 Snakemake >= 8？
我需要编写工作流程，并且我一直在寻找工作流程管理系统。我选择 Snakemake 是因为它与 Conda 集成，并且因为我想要一个可以在本地轻松运行的工作流程，或者......
Snakemake：导出 d3dag - MissingInputException
我想以 D3.js 兼容的 JSON 格式导出工作流程的 DAG： Snakemake.snakemake(snakefile=smfile, 干运行=真， 强制全部=真，
我收到以下警告： 语法警告：无效的转义序列“\.” 当规则中存在以下 shell 块时： ”“” 卷曲 {params.ua} -L {params.url} \ ...
我正在尝试不同的方法来重命名文件，我很困惑为什么其中一些方法不起作用。假设我想使用字典 {"out": "in"} 将文件复制到文件中...
假设我有一个像这样的snakemake规则： 规则测试： 输入：“{mywildcard}” 输出：“{mywildcard}.txt” shell: "某个命令 {输入} > {输出}" 为了...
我想使用STAR生成基因组索引。 bash 代码可以在终端中运行，但我想将其转换为蛇文件。 这是 bash 代码： STAR --runThreadN 4 --runMode 基因组生成 --