snakemake 相关问题

Snakemake是一个工作流管理系统，具有Python风格的规范语言。

从规则内设置全局snakemake变量

在snakemake中，我可以在声明规则之前定义全局变量。当我有一个需要通过某种工具下载的文件列表时，这很漂亮 - 然后我可以确保这些文件的名称是

snakemake

回答 2 投票 0

使用 Snakemake 运行 Picard 或 GATK MergeVcfs 时出错

我是 Snakemake 的新手。我尝试构建一个小型管道来合并两个 VCF 文件，但我不断收到错误。以前有人遇到过这个问题吗？这是我合并两个 VCF fi 的原始代码...

merge snakemake gatk picard

回答 1 投票 0

使用 Snakemake 组合多个文件：MissingInputException

我正在编写一个 Snakemake 管道来运行一些模拟。关键点是： (1) 我在参数 A、B 和 C 的值空间中运行模拟，并进行 n 次重复， (2) 我绘制结果...

python snakemake

回答 1 投票 0

Snakemake 规则无法识别其他规则的输出

我编写了一个蛇文件“prepare_tuples.smk”，以prepare_tuples作为我的主要规则。输入被定义为规则 hadd_tuples 的输出。当我运行 Snakemakeprepare_tuples -F -...

snakemake

回答 1 投票 0

如何为Azure环境安装和配置snakemake

我对snakemake和Azure云计算都很陌生。我的组织为我设置了 Azure 批处理帐户、资源组和存储帐户。我已成功将数据移动到 Azure blob 中。我...

azure snakemake

回答 1 投票 0

NameError：运行snakemake时未定义名称“snakemake”

我有一个示例脚本定义为： #!/usr/bin/env python def 测试（路径）：打印（路径）测试(snakemake.input[0]) config.yml 如下：执行者： slurm 职位：100 样本：“config/samples.csv&q...

python slurm snakemake

回答 1 投票 0

不一致的文档 - Slurm 配置文件在 Snakemake > 8.0 中不起作用

Snakemake 的 Slurm 配置文件为 Snakamake 版本提供了魅力 < 8.0. It stoped working since there are few big changes and renaming. Specifically, newer versions do not seem to detect ...

slurm snakemake

回答 1 投票 0

在 Snakemake 中使用 --software-deployment-method apptainer 时如何设置 apptainer shell？

对于snakemake v8.10.8，如果我有以下使用容器的Snakefile 规则 hello_world_container：参数：输出目录=“结果”，名称=“标准型号”...

snakemake apptainer

回答 1 投票 0

Snakemake 无法确定通配符

我不明白为什么snakemake无法识别这个简单示例中的依赖关系。我希望它能识别出 main 的输入是在模拟中生成的，并且

snakemake

回答 1 投票 0

如何在一组未确定的样本上运行 Snakemake？

我计划创建一个将在大规模数据集上运行的 Snakemake 脚本。该脚本将：预处理样品，根据预处理的结果过滤样本（注：全部

python workflow snakemake

回答 1 投票 0

Snakemake 处理变量输入数据集

我刚刚开始使用 Snakemake，我无法理解通配符。我的工作流程将有一个具有以下结构的输入数据目录：数据/ ├─ 一些数据集/ │ ├─ 一些子集.csv │...

python snakemake

回答 1 投票 0

Snakemake集群提交：如果日志文件是规则输出，则在作业运行时删除日志文件

我有一个规则 B，它依赖于先前规则 A 创建的日志文件。这些日志文件是由我提交到的集群 (HTCondor) 创建的。这些日志包含

python snakemake htcondor

回答 1 投票 0

如何使用 Snakemake 处理特定的文件对？

我是 Snakemake 的新手，目前正在思考如何使用 Snakemake 管道处理特定的文件对（如果问题很蹩脚，我深表歉意）。我有一套 fastq

snakemake

回答 1 投票 0

Snakemake 通过从前一个规则传递参数值来运行规则矩阵

我可以成功地做这样的事情，数字=[1,2,3] 单词=[“妈妈”，“猫”] 统治一切：输入： Expand("{n}_{w}.txt", n=数字, w=单词) 规则模拟：...

snakemake

回答 1 投票 0

Snakemake（v8.10.7）无法找到 conda（或 micromamba）

我正在尝试在snakemake中构建工作流程，但是一旦我使用conda，snakemake立即报告错误。我写了一个简单的例子来说明这个错误。这是一个蛇文件文件：规则

conda snakemake mamba micromamba

回答 1 投票 0

Snakemake：将代码库与原始数据和结果分离的最佳实践？

我是 Snakemake 的新手，我制作了一个对我的团队非常有帮助的管道。到目前为止，我已经运行了两批数据。为此，我创建了两个具有以下结构的单独目录克隆，...

python bioinformatics snakemake

回答 1 投票 0

我应该如何解决这个问题，snakemake 出现“缺少输出文件”错误？

我正在尝试使用“snakemake”来管理我的工作流程。起初，我在下面写了简短的“Snakefile”，但它没有与“Message”一起运行。我认为这是一个很容易解决的问题，但我不能。什么

snakemake

回答 1 投票 0

Snakemake远程规则重新读取配置文件？

我正在使用snakemake（v7.22.0）在集群上执行多个作业。我有几个不同版本的工作流程，有时会并行执行，其中涉及更改配置文件......

automation cluster-computing snakemake hpc

回答 1 投票 0

通配符问题

我在平台上尝试了多种解决方案，但似乎都不起作用。我似乎无法解决错误 AttributeError: 'Wildcards' object has no attribute 'sample' 这就是我正在尝试的...

snakemake

回答 1 投票 0

运行 PyPSA-EUR 第一个教程时出现 Snakefile 错误

我已经看过这方面的另一篇文章，但我认为缺乏上下文，所以我会尝试在这里更详细地解释，看看是否有人可以提供帮助或经历过相同的问题并管理...

snakemake pypsa

回答 1 投票 0

snakemake 相关问题

最新问题