snakemake 相关问题

Snakemake是一个工作流管理系统，具有Python风格的规范语言。

snakemake - 在资源指令中指定内存与单独规则的命令行调用

可以在资源指令中按规则定义内存要求黑桃规则：输入：规则.规则.输出输出： “{样本}/黑桃/contigs.fasta” 资源...

python snakemake hpc

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Snakemake 在脚本更新后不重新运行工作流程或规则

在snakemake中，如何指示脚本是输出文件的依赖项，以便如果脚本更改，规则将重新运行？例如，假设这是我的规则；规则我的规则：输入...

snakemake

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Snakemake 重新运行触发器不会导致相关步骤重新运行

在两步工作流程中，如果我运行工作流程完成，然后意识到我必须重新运行步骤 1，我希望如果我使用 --force 运行步骤 1，则步骤 2 将在下一次调用时运行整个

snakemake

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在snakemake规则中创建conda环境

我想为一个工具创建一个conda环境，激活它并在snakemake规则中使用该工具。我已将其表示如下：蛇形规则：规则快速QC：输入： #fastq=展开(“

conda snakemake

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Snakemake：如何以聚合规则在最后遍历DAG深度优先？

Snakemake版本：6.3.0 我想将 DAG 深度优先应用于我的 Snakemake，以生成相似数量的文件的规则，直至根据通配符聚合多个文件的规则。现在，我已经

python snakemake

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如何运行工作目录为本地存储前缀的规则？

贪吃蛇8.20.3 在我的配置中，我设置了默认存储提供者：fs 本地存储前缀：/wrk-vakka/users/$USER/local 但是，当我运行诸如本地规则：test_lf 规则测试_lf：

snakemake

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Snakemake：检查点和工作流程错误：缺少通配符值

我正在尝试使用 get_txt_files 和 not_empty_files 函数在工作流程中的特定检查点之后生成通配符值列表。第一个检查点是必要的，因为规则生成......

pipeline snakemake

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SLURM 执行器插件错误：SLURM 会计已禁用

我正在尝试使用snakemake版本8+提供的slurm执行器插件运行5个静态节点并行集群snakemake工作流程。我开发了我的 Snakefile 并使用以下命令......

plugins slurm snakemake executor

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在 Snakemake 规则中访问个人资料信息

我正在使用 Snakemake 跨多个集群环境执行工作流程。因此，我使用每个集群的 Snakemake 配置文件来定义 CPU、内存等。但是，有一些输入需要...

snakemake

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在 Snakemake 中捕获输出、stderr 和 stdout

我正在学习snakemake，但我无法在日志文件中捕获stdout和stderr。这是我的代码：配置文件：“config.json” 统治一切：输入：expand("{sample}.txt", s...

snakemake

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Snakemake：使管道适应新版本 8.18.1（在输入函数内组合检查点使用的示例）

对于任务，我需要实现下面脚本中的逻辑。（脚本来源）。但在当前版本中，标志“目录”仅对输出有效，对输入无效。这如何在

snakemake

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运行蛇法师时，指定的资源不会发送到SLURM

我正在尝试运行一个snakemake v8工作流程，其中整个项目需要在SLURM集群上完成，但一个规则需要在GPU分区上运行，而其他规则则在CPU上执行......

gpu cluster-computing slurm snakemake

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MissingInputException [Snakemake] 之后是否有可用的“堆栈跟踪”

问题当规则引发 MissingInputException 时，我们会获得该规则的输出文件列表、通配符以及预期的“受影响的文件”...

snakemake

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如何在 Snakemake 中处理可变数量的输入/输出文件

我有一个相对简单的 Snakemake 管道。然而，该管道中的工具之一并未真正优化，如果输入文件太大，则会出现 RAM 溢出。我可以在

pipeline snakemake

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snakemake规则KeyError中的InputFunctionException

我正在运行snakemake管道，但我得到KeyError：当我添加longphase_phase规则时。我似乎没有找到如何调试它。 longphase_phase 规则使用以下样本作为输入：a)...

python snakemake

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防止 Snakemake 重新创建特定文件

我为 Snakemake 工作流程开发了一个简单的测试框架。每个测试用例都有一定数量的输入/输出文件。测试的运行方式如下：创建一个空的工作目录。输入文件...

snakemake

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使用默认配置文件，同时通过`--configfile`（共享变量）定义另一个配置文件[Snakemake]

我有一个默认配置文件，它定义了运行我的工作流程所需的所有变量。它是使用 Snakemake 文件中的 configfile: 'config/defaults.yaml' 行包含的。我愿意...

snakemake

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snakemake：文件 /home/usr/path/to/Snakefile 第 13 行中的规则 hifiasm 中出现 MissingOutputException

您好，我正在编写一个非常基本的 Snakemake 文件来运行 hifiasm；它似乎运行良好，但由于某种原因，在运行结束时我收到以下提示：最多等待5秒...

python pipeline bioinformatics snakemake

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如何获取snakemake作业退出的确切退出代码？

当snakemake作业出现非零退出代码错误时，snakemake会打印：（其中一个命令以非零退出代码退出；请注意，snakemake 使用 bash 严格模式！）因为工作执行而退出...

python logging snakemake exit-code

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如何立即在stderr中查看失败的snakemake作业的日志 - 而不是日志文件

我正在 kubernetes 中使用 argocd 运行 Snakemake。当作业出错时，snakemake 会说失败作业的日志位于日志文件中。现在我无法轻松查找此日志文件，因为 argocd 确实...

python logging snakemake logfile

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