snakemake 相关问题

Snakemake是一个工作流管理系统，具有Python风格的规范语言。

Snakemake 工作流程在 SLURM 上成功完成后发送电子邮件

使用 --slurm 选项时，有没有办法在 Snakemake 工作流程完成后发送电子邮件？像这样的东西：成功时：电子邮件（[email protected]，标题=“Snakemake 工作 xxx 已完成

python python-3.x shell email snakemake

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Snakemake：横向 DAG 深度优先？

Snakemake 似乎以广度优先的方式遍历 DAG。是否可以（例如通过选项/标志/等）强制snakemake深度优先遍历DAG？

python snakemake

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管理 Snakemake 中的包装器

我正在尝试使用配置文件 config.yaml 制作 Snakemake 管道。 --- 样品： - Sample_1：读取/raw_reads_1 - Sample_2：读取/raw_reads_2 - Sample_3：读取/raw_reads_3 参考：...

wrapper snakemake

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Snakemake 无法产生输出

我正在尝试在两个配对文件（1.fq.gz 和 2.fq.gz）上运行 fastqc。跑步： Snakemake --use-conda -np newenv/1_fastqc.html ...产生看起来像明智的 DAG：构建就业 DAG... 工作...

output conda snakemake

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如何使用for循环以编程方式生成snakemake规则？

我想使用 for 循环根据 config.yaml 文件的内容生成一组规则。这是一个最小的工作示例。 config={'person1': '艾米', 'person2': '布鲁斯'} ...

snakemake

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Snakemake 规则将文件合并为一个

我正在使用snakemake处理大量气候模型输出。假设我有以下一组文件： tas_AFR-44_NOAA-GFDL-GFDL-ESM2M_rcp45_r1i1p1_SMHI-RCA4_v1_mon_200601-201012.nc

snakemake

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Snakemake：通配符限制

我有以下 Snakemake 规则（我只显示了相关部分）： SAMPLE_IP = ['control_1_hif1a_hyp', 'control_2_hif1a_hyp'] SAMPLE_INPUT = ['control_1_input_hyp', 'control_2_input_hyp']...

python python-3.x wildcard snakemake expansion

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使用 tibanna 运行 Snakemake 时未找到示例文件

我正在尝试使用 Tibanna 在 AWS 上运行 Snakemake 工作流程。样本列表存储在 TSV 文件中：样本.tsv。然而，由于某种原因，当...

snakemake tibanna

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snakemake 无法在参数中获取 lambda 返回

我有一个snakemake参数，例如： def get_papreDE(config, super_group): gtf_config = [] 对于sample.keys()中的sample_name： group_data=样本[样本名称][0] 超级组数据=...

lambda bioinformatics snakemake

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Snakemake 任务在 SLURM 上失败且没有错误 - 如何调试？

我尝试使用snakemake --slurm -j 200通过SLURM运行多个任务。一些SLURM作业失败，但我找不到任何错误消息。 Snakemake 打印以下内容： ... [2023 年 9 月 28 日星期四 10:25:04]...

slurm snakemake

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跳过依赖于失败规则的snakemake规则

这是我的snakemake工作流程的一部分：规则 bagel2bf 偶尔会在某些数据集上失败，但我不希望这使整个 Snakemake 运行失败。我如何调整工作流程，以便...

python snakemake

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snakemake 运行 Snakefile 时出现 MissingOutputException

当我运行snakemake时出现这个错误。 Snakemake.Exceptions.MissingOutputException：作业 160 已完成成功，但缺少一些输出文件。 60 后丢失文件秒。这可能...

linux snakemake

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如何在执行之前在日志中打印集群命令？

我在集群上使用snakemake 7.32.3。我已在配置文件中将集群参数设置为带有通配符的复杂命令。现在 cluster 命令失败，snakemake 输出错误

snakemake

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如何解决snakelike中无法从输出文件确定输入文件中的通配符

我是一名 Snakemake 新用户，尝试使用一些数据开发一个管道，以便能够实现我们的真实数据。我有多个文件夹（每个患者一个文件夹），每个文件夹中都有......

snakemake expand

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Snakemake中的管道：如何在规则之间共享资源？

我的常规管道方式（部分基于Biostars帖子）如下：规则图：输入：“{sample}.fq.gz”，输出：“排序/{样本}.bam” 线程：24 壳： ”“” ...

pipe snakemake

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如何根据字典值重命名样本

我在编写snakemake规则来更改样本名称时遇到了一些麻烦。使用 Porechop 进行多路分解并使用 Filtlong 进行一些基本修剪后，我想更改样本的名称

dictionary workflow bioinformatics snakemake

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snakemake 运行的唯一 ID

运行 Nextflow 管道时，唯一的 ID 与整个运行相关联。例如，它可以通过检查 nextflow 日志来获得。我正在为 Snakemake pipeline 寻找相同的功能...

bioinformatics snakemake

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Snakemake 中缺少输出异常错误

我使用的是snakemake版本7.30.1 我正在尝试使用snakemake --cores 4运行我的snakemake工作流程。Snakemake似乎能够找到输入文件并且似乎开始完成这些步骤...

wildcard missing-data snakemake sequencing

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如何忽略 Snakemake 中更改的代码

我正在使用 Snakemake 7.3.8。我收到消息说：块引用用于生成一个或多个输出文件的代码已更改：要检查哪些输出文件发生了更改，请运行 'snakemake --l...

python snakemake

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无法打开由snakemake管道生成的pickle文件

我有一个由多个步骤组成的数据分析管道。我已经生成了一个snakemake管道（对我来说是新的），每个任务的输出（以及下一个任务的输入）是一个包含...

python pandas snakemake

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