素食主义者是与R一起用于分析生态群落，特别是植被群落的一揽子计划。它具有分析生态多样性和社区多变量分析的工具（NMDS，pCCA，pRDA等）
我正在按照下一个脚本运行 RDA 分析（素食包）： env：“env”数据框有 9 个变量：HIX、SR、FI、BIX、perC1、perC2、perC3、perC4、CDOM_S。 这个数据框是
使用 vegan 包更改颜色并添加标签到nestedtemp()图
我使用 R 包 vegan 来检查数据集中的嵌套性： bc_rp <- read.csv("BC_RPc.csv", na.strings = c("","NA"), header=TRUE, check.names = FALSE) bc_rp ...
我希望将主成分百分比添加到我的图表中，但我不确定如何从 rda 对象中计算/提取这些值。 图书馆（素食） 所有.std <- na.omit(decostand(all.data,
我在生态数据上使用 vegan 包和 betaassemble 来计算样本与其质心之间的距离。但是，我不知道如何计算样本之间的距离...
PERMANOVA 分析（特别是 vegan 包中的 adonis2）是否允许嵌套术语？
我正在尝试对样本之间的布雷皮肤差异进行 PERMANOVA 分析，但我需要在一天中的某个时间内嵌套样本日。我读到 adonis2 中的“strata”功能
将 Bray Curtis 差异转换为 SIMPER:vegan
我想使用 SIMPER 和素食包来看看哪些物种每年贡献最多。 #4次根变换 BBcounts_transformed<-siteBB^(1/4) BBcounts_transformed.matrix<...
我的研究设计包含三个相互作用的因素，并且我有 16S 微生物群落数据。我正在尝试建立一个模型，可以在其中测试所有主要效应（A、B、C）、...
如何自定义 estaccumR 对象的绘图，以便只有 S 和 Chao（而不是 ACE）叠加在单个双图中？使用基本 R 和 ggplot 的描述值得赞赏。 es 的示例...
如何在 vegan (r) 中的 adipart/oecosimu 对象中索引置信区间（2.5% 和 97.5%）？
我正在使用 r 中 vegan 包中的 adipart() 函数运行加性多样性分区模型。从生成的 adipart 对象中，我想将 2.5% 和 97.5% 列索引为 vec...
R 中的 RDA - 图中站点的标签名称中有 row1、row2、row3...等，而不仅仅是 1、2、3
所以我尝试使用 RDA 和 vegan 包在 R 中绘制物种、地点和环境数据。在我的 RDA R 中，自动将站点分数表中的站点命名为 row1、row2...等。我可以更改...
我正在使用 vegan 包中的 adonis2 运行 PERMANOVA。我在 4 个研究区域内有 52 个植被样地。我对保护区、火灾和熊的存在如何影响这些植被感兴趣
我正在尝试将 envfit 添加到我在 ggplot 中制作的 NMDS 图中，我遇到了与此处箭头太小的帖子相同的问题（我想对帖子发表评论，但我没有足够的
这道题涉及多元生态学，将以Site x Species矩阵为例。总的来说，这个问题寻找的是删除数据框中某些数据的方法。我们有5个专...
我对 R 和素食主义者很陌生，所以我希望这不是一个愚蠢的问题。我有一个非常大的数据集（516 个条目，330 列）。我一直在 Vegan 中运行 Decorana，并且想访问轴
如何在 Rmarkdown 中将 NMDS 输出和 betadisperser 输出格式化为 HTML
我想将输出格式化为 rmarkdown 中看起来正确的表格，并使用 HTML 作为输出。 我在格式化由纵坐标函数产生的输出对象时遇到问题 nmds.布雷<- ordinate(...
如何使用 R 中的 adonis2 为不平衡研究设计指定正确的排列结构？
我有来自两年、三个地区和两个行为组的动物受试者样本。 数据都是观察性的，研究的设计很不平衡。 我想知道是否
如何在 R 中的 vegan 包中编写 decostand 函数循环？
我想循环 vegan 包中的函数 decostand 超过 72 行，放入 10 个种子中。 1.Dataframe 包含 72 行，包含物种和环境 x 10 次运行（或种子）。 #创建数据框`df ...
如何在 PCoA 中为包含混合/有序变量的相异矩阵指定特征向量？
我有一个包含许多物种的序数变量的数据集，我想使用主坐标分析 (PCoA) 将其可视化。当我认为数据是连续的（numeri ...
在 Vegan-package 中指定 adonis2 的受限排列
类似的问题之前有人提出过，但是我没能正确理解如何将其应用到我的实验设计中。 实验设计： 9 个块数不平衡 och 图...