vegan 相关问题

素食主义者是与R一起用于分析生态群落,特别是植被群落的一揽子计划。它具有分析生态多样性和社区多变量分析的工具(NMDS,pCCA,pRDA等)

绘制的环境向量与NMDS分数不匹配

我制作了NMDS图,并按照mytable站点的数据框= c(“站点A”,“站点B”,“站点C”,“站点D”,“站点E”,“站点F”, “站点G”,“站点H”,“站点I”,“站点J”,“站点K”,“站点L”,“站点...

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我如何在素食主义者中自定义排序图

我有一个纯素食主义者的CCA,正在尝试绘制它,但只有一个非常基本的图,我想知道如何自定义该图-改变物种文字和箭头的颜色,点,变化...

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[尝试创建差异矩阵时如何处理数据集中的零?

我有一个简单的问题,今天我花了大约数百个小时的时间来进行谷歌搜索,但仍未解决。我希望这里的人能奇迹般地回答。我正在尝试制作bray curtis ...

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使用素食主义者的cca:无约束惯性

我使用具有7500个位点,9种和5个约束变量的纯素食主义者进行了CCA分析。结果为>调用:cca(sitspe = Yp,sitenv = Xp)惯性比例等级总计...

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在R中的CCA绘图中添加绘图符号

我想生成规范对应分析(CCA)图,以显示环境参数对使用此代码的物种分布的影响:spe

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素食主义者r软件包中的rda测试错误。变量未正确读取

我正在尝试使用纯素软件包执行简单的RDA,以使用以下数据框测试深度,流域和扇区对遗传种群结构的影响。数据文件。 “ ALL” ...

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我如何访问由纯素函数envfit生成的整个模型的R平方值?

我正在通过使用无约束排序(PCA或NMDS),然后在素食主义者包装中使用具有envfit功能的环境向量拟合来分析某些微生物组数据。 envfit的输出...

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安装纯素包装时存在置换和格子的问题

我正在尝试做家庭作业,但是被卡住了。请帮忙!我已经安装了“ permute”和“ lattice”……但是它仍然无法正常工作。我该怎么办?

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['vegan软件包”是由内部版本不同的R版本安装的]]

我已经为Windows(32/64位)和RStudio 1.1.442安装了R-3.4.4-Windows Vista / 7/8/10。我安装了素食主义者2.4-6软件包。当我尝试打开它时,我收到以下消息:> install.packages(“ C:...

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如何绘制在R(素食主义者包)一个NMDS情节不同颜色的网站?

我从草原(场1-14)和采石场(15-28位)的网站数据,并希望他们有不同的颜色中,我和素食套餐,e中创建我的NMDS情节。 G。网站数1-14红...

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如何着色的因素在素食主义者的rarecurve线?

即时试图绘制每个我的20个样品的稀疏曲线 - 并且通过使用素食R. rarecurve我已分组的列在一起是各自的治疗类型(5)的彩色线...

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R-包装的素食主义者Decorana

输入图像描述hereI'm新R和我试图运行趋势对应分析法(DCA),这是种协调多元统计分析,我有四点。一世 ...

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整理NMDS排序图

我有来自采石场和石灰质草原地点的繁殖鸟类组合数据,并希望将它们与环境参数作为载体一起显示在nmd ordination图中。我怎么能够 ...

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定制素食主义者

我有一个包含100种物种的数据集,因此绘制非常糟糕。所以我想挑选出这些物种的一个子集并将它们绘制在RDA图中。我一直在遵循这个准则代码......

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在R中进行子集化后,“X”必须是Decorana / VEGAN函数中的数字错误

我一直收到这个错误:rowSums(veg)出错:'x'必须是数字我从一个大数据集中的一小部分是子集,当我运行DCA排序时,我不断得到上面提到的错误......

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PCoA功能pcoa提取载体;方差百分比解释

我有一个由132个观测值和10个变量组成的数据集。这些变量都是绝对的。我试图看看我的观察如何聚集以及它们如何根据......

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如何使用省略ggplot2的箭头连接多个点

我使用纯素包来制作一些植被数据的时间序列。由于排序图常常混杂着许多数据点,我提取了第一个...的特征值。

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如何告诉R将函数应用于多个数据?

我一直在堆积这项工作很长一段时间,尝试了不同的方法,但无法成功。我想要的是将以下4个函数应用于30个不同的数据(data1,2,3,... data30)...

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如何在素食包中的bray nmds分析中添加椭圆

我使用纯素包绘制了点图,但我想圈出经过类似处理的物种。如图所示,3种颜色可用于3种处理。我也想圈出它们。这是我的代码。 ...

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如何解释cca素食主义者的输出

我使用纯素包在R中进行了规范的对应分析,但我发现输出很难理解。 triplot是可以理解的,但我得到的所有数字......

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