dna-sequence 相关问题

表示脱氧核糖核酸的核苷酸序列的字符串，该核酸序列保存构成遗传密码的基因。

寻找最长公共子串

我试图在所有 DNA 链中找到最长的公共子串，但在测试中我使用的是数字串。这是我写的函数： def lcsm（字符串列表）： strands = 排序（string_lis ...

python python-3.x string substring dna-sequence

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从附近删除字符串，但不一定在开头或结尾

我有一个包含约 10,000 个字符串的文件需要编辑。字符串很长（成百上千个字符），我想删除结尾附近的重复 A 或开头附近的 T...

awk bioinformatics dna-sequence

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匹配由具有不同级别的不匹配阈值的子模式组成的模式

我正在分析大量 DNA 序列，以识别那些包含由两个子模式组成的特定模式的序列，解释每个子模式的不同程度的不匹配。

regex dna-sequence

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如何检索用包'haplotypes'和'pegas'制作的单倍型的序列名称？

对于我当前的项目，我正在制作一些单倍型网络，使用“pegas”和“haplotypes”包。脚本运行流畅，给出了比较清晰的图形。但是，我想知道哪个

r network-programming dna-sequence phylogeny genetics

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从具有 R 中许多物种序列的 fasta 中获取每个物种的共识序列

在 R 中，我有一个 fasta（例如：Andrenidae.FASTA），其中包含来自十几个物种的几百个核苷酸序列。我想为每个物种获得 1 个共识序列。每个序列由 A/C/T/G/N,...

r bioconductor dna-sequence genetics

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DNATree 中的搜索功能

我尝试插入AA。然后搜索 AA$ 以准确找到节点“AA”。但我收到的结果是“找不到序列”。我需要你的支持来帮助我找到那个问题的解决方案......

java tree binary-tree dna-sequence tree-search

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找出一段DNA的最长回文子串。

我必须做一个函数，打印出一段DNA的最长手印子串。我已经写了一个函数，用来检查一段DNA本身是否是一个词组。请看下面的函数。...

python python-3.7 palindrome dna-sequence

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在csv文件上迭代

我试图打开一个下载的csv文件，我最终这样做，并打印出来，以确保我做的正确。但当我试图检查一个值或多个字符的列表中，我的...

python list csv dna-sequence

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如何对单个字典中的值进行配对比较？

我有一个包含DNA序列的fasta文件，我想对每个DNA序列进行配对比较。Fasta文件包含这样的形式：>dna1 TAGTACTGACCATGGCGTTTGTTG >dna2 ....

python dictionary comparison fasta dna-sequence

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使用ID从一个单独的文本文件中提取7GB fasta文件中的多个序列。

在这个网站上搜索了好几个小时，尝试了很多不同的东西都没有用，我决定把自己的问题贴出来。我目前有一个文本文件(id.txt)，其中包含了大约100行的 ...

python bash sequence dna-sequence sequencing

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将DNAStringSet转换为R中的元素列表？(seq[[1]][["seq"]]中出错：R中下标出界)

我有一个床文件，其中包含DNA序列信息如下。** track name="194" description="194 methylation (sites)" color=0,60,120 useScore=1 chr1 15864 15866 FALSE 894 + chr1 ...。

r bioconductor dna-sequence

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python和用户定义的函数

我正在学习python编码，并使用一个函数来计算具有不确定字符N或n的DNA序列中的gc百分比（NAAATTTGGGCCCN），这产生了以下问题。是...

python python-3.x data-science bioinformatics dna-sequence

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如何捕捉一组最长的序列

[任务是查找给定的DNA序列，例如一个组的最长序列：“ AGATCAGATCTTTTTTCTAATGTCTAGGATATATCAGATCAGATCAGATCAGATCAGATC”，它有7次AGATC。（AGATC）匹配...

python python-3.x regex cs50 dna-sequence

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如何在搜索DNA密码子时防止重叠

我对此很陌生。我在python中使用正则表达式尝试在估算的DNA序列中找到特定的密码子。目前，该代码有效，但不会引起重叠（即，如果...

python dna-sequence re

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CS50问题集6（DNA）“ Python”，我无法计算间歇性DNA序列，我的代码在一个小型数据库中成功，而在大型数据库中失败

我是编程的初学者，所以我决定参加CS50课程。在问题集6（Python）中，我编写了代码，该代码适用于小型数据库，但对于大型数据库却无效，因此我只要求...

python python-3.x string cs50 dna-sequence

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在具有多行的数据框中识别部分匹配的字符串（DNA序列）所需的解决方案

我正在寻找以下问题的解决方案：我确实有一个超过600万行的数据框，其中一行包含序列信息（DNA序列）。基于数据集的方式...

r regex grep pattern-matching dna-sequence

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Python找到最长的ORF

有人可以给我展示一个简单的解决方案，以解决如何计算DNA序列中最长30bp的最长开放阅读框（ORF）吗？ ATG是起始密码子（即ORF的开头），并且...

python bioinformatics biopython fasta dna-sequence

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Regex-在给定数量的3个字母序列之后，如何匹配特定的3个字母序列？

[我正在研究遗传学，想知道如何才能获取某些DNA数据的第248个3字母序列，所以我试图找到一个正则表达式来匹配它。数据块在...

javascript php regex dna-sequence genetics

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在字符串列表中字符的第n次出现[关闭]

我想获取字符串列表中第一个，第二个和第三个字符的索引，以此类推。该列表由数千个目标核苷酸序列组成，如下所示：...

python dna-sequence

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DNA字符串中随机基序搜索中的意外输出

我有以下t = 5个DNA字符串：DNA ='''CGCCCCTCTCGGGGGTGTTCAGTAAACGGCCA GGGCGAGGTATGTGTAAGTGCCAAGGTGCCAG TAGTACCGAGACCGAAAGAAGTATACAGGCGT TAGATCAAGTTTCAGGTGCACGTCGGTGAACC ...

python search random bioinformatics dna-sequence

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