bioinformatics 相关问题

仅将此标记用于与生物信息学相关的编程相关问题。其他问题不属于此处，但可能是https://bioinformatics.stackexchange.com/上的主题。有关更多信息，请参阅标记维基。

跨面面板以相同的 x 值更改直方图箱的 alpha？

我正在展示不同类型数据集中每个位置的变体数量：实验数据、自然数据和菌落形态数据。我想让不一样的箱子半透明

ggplot2 histogram bioinformatics

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为什么 Snakemake 更喜欢使用脚本指令调用脚本而不是从 shell 调用？

标准化工作流程中的 Snakemake 规则使用脚本指令运行 Python 脚本，例如这个模板规则：规则 XXXXX：输入： ..., 输出： ...., 参数： ...

python bioinformatics snakemake

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如何从几个新的bam文件中获取SNV基因型数据？

我有几个SNV，例如： #CHROM POS ID REF ALT 字符 1 1000。交流电字符 1 2000。 TA 我可以从几个新的 bam 文件中获取他们的基因型数据（REF 覆盖率、ALT 覆盖率）吗？对于前...

bioinformatics vcf-variant-call-format

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Snakemake 包装器在没有互联网的情况下无法在 SLURM 集群计算节点上工作

我正在尝试在 SLURM 集群上的管道中使用包装器，其中计算节点无法访问互联网。我首先使用 --conda-create-envs-only 运行了管道，然后更改了

bioinformatics slurm snakemake hpc

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如何在没有互联网的情况下在 SLURM 集群计算节点上使用 Snakemake 包装器？

我正在尝试在 SLURM 集群上的管道中使用包装器，其中计算节点无法访问互联网。我首先使用 --conda-create-envs-only 运行了管道，然后更改了

bioinformatics slurm snakemake hpc

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如何在没有互联网的情况下在 SLURM 集群计算节点上使用 Snakemake 包装器？

我正在尝试在 SLURM 集群上的管道中使用包装器，其中计算节点无法访问互联网。我首先使用 --conda-create-envs-only 运行了管道，然后更改了

bioinformatics slurm snakemake hpc

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Python K-Means 算法不能正常工作

我正在尝试开发一种用于生物信息学的 K-Means 算法，到目前为止我设法开发了一个但它没有任何 k 参数，我将 k 值设置为 2。这段代码工作正常但现在我没...

python bioinformatics k-means

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如何使用 Python Pandas 读取大小 > 10 GB 的 tsv 文件？

我有一个超过两个人的带注释的 vcf 文件，大小为 17 GB，格式为 tsv。我想使用 pandas 对此文件进行一些处理。文件读入时间太长

python pandas bioinformatics

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使用 MetaboDiff 的微分表达式

我的数据包含在 mydata.csv 文件中。样品代谢物 1 代谢物 2 代谢物 3 组控制 1 1.2 0.8 1.5 A 控制 2 0.9 1.1 1.2 ...

r bioinformatics

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对某些文件应用命令行

我是 bash 的初学者，对文件夹中的所有文件应用命令时遇到问题。这是有问题的命令：对于 ~/work/RADseq/Pool1_process_radtags/* 中的样本做 ...

linux bash command-line bioinformatics

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Nextflow 过程仅适用于第一个元组元素

我目前正在开发一个小型 Nextflow (v.22.10.6.5843) 管道，用于在多个文件中运行 vcfancestralalleles.jar。为此，我决定使用元组。但是，当我运行该过程时，它是 ...

tuples bioinformatics nextflow

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使用bash选择某个基因，然后计算独特的变异

我有一个包含基因突变的 tsv 文件基因突变 A 错义乙错义乙删除 C 删除丁删除乙沉默的乙删除我想要：选择具有基因突变的行...

bash bioinformatics

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使用 bash 根据特定列选择行，然后计算唯一变体并根据另一列排序

我有一个包含基因突变的 tsv 文件基因突变 A 错义乙错义乙删除 C 删除丁删除乙沉默的乙删除我想：（1）选择具有 G...

bash bioinformatics

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如何压缩具有共同X列值的行并且只保留一个Y列值？

我正在处理一个包含基因名称和 TPM 等变量的数据集。基因 TPM 基因A 0.2 基因B 0.4 基因A 2.1 我想将出现不止一次的任何基因减少到一行，然后...

r bioinformatics

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如何通过数据框中列表中的索引替换值

希望有人能帮助我。我几乎是 R 的新手，现在我被困住了.. 我正在使用 NGS 测序，更具体地说，关于这个特定问题，试图准备一个

r indexing replace bioinformatics

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如何使用 bash 从 vcf 文件中删除 chr

我需要从我的 vcf 文件中删除“chr”。这是 vcf 文件的方面： #CHROM POS chr1 10570 chr1 10574 chr1 10654 我想要以下一个 #CHROM POS 1 10570 1 ...

bash awk sed bioinformatics vcf-variant-call-format

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带有文件扩展名的ValueError

我从 GSE (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE92332) 下载了一个原始数据集，其中包含单细胞分析数据。共有三种不同的文件格式 matrix.mtx.gz, ba...

python bioinformatics valueerror

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任何人都可以提供最好的资源来学习和成为生物信息学工程师吗？

生物信息学和机器学习我期待深度学习和生命科学方面的资源

machine-learning deep-learning artificial-intelligence bioinformatics ml

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用“类似于”之后的下一个词更改 fasta 标题

（交叉发布到 Biostars：https://www.biostars.org/p/9562110/）我有一个带注释的 fasta 文件，我想在 > 下一个单词“类似于”之后添加到第一个位置 >_Anouracaudifer_000...

python bioinformatics fasta

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用于下游分析和创建目标基因热图的计数矩阵标准化

我有一个从 stringtie 生成的计数矩阵（从 FPKM 到 readcount 使用 stringtie 的 prepDE.py3）。我想创建跨样本的目标基因热图。我的问题是：之前...

statistics heatmap bioinformatics

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