bioinformatics 相关问题

仅将此标记用于与生物信息学相关的编程相关问题。其他问题不属于此处，但可能是https://bioinformatics.stackexchange.com/上的主题。有关更多信息，请参阅标记维基。

Running fGSEA, not all stats values are finite numbers 错误：

我正在尝试对我保存的数据运行 fgsea 分析：水库<- read.delim ("Rank_fgsea_data.rnk", header=T, colClasses = c("numeric", "character")) res$Gene....

r bioinformatics bioconductor

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使用 bash 将树文件转换为表格格式

我有这个输入，我正在尝试使用此代码将其转换为表格格式回声“（（（（hg38：0.0059208，panTro4：0.00614632）：0.00912834，ponAbe2：0.0162903）：0.0103823，（（（（rheMac3：0.002205，macFa ...

bash database-design tree type-conversion bioinformatics

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难以解释 Biopython ncbi blast 函数的 .xml 结果文件

我想对猪核苷酸基因组序列进行序列搜索“CCTTCATTCTTCTGTATTGGAGACTTACAGTTGGCACAAGGCTTGGAGTT”，看看我是否能在比对中找到完美匹配。我用过...

bioinformatics biopython sequence-alignment

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连接数据帧时如何在 pandas multiindex 中保留类别 dtype？

我正在处理我希望能够控制排序顺序的数据（在我的实际用例中，染色体名称，但在这里我使用了虚拟名称），这将是 MultiIndex 的一部分（也包含

python pandas bioinformatics multi-index categorical-data

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如果我知道范围，则在 R 中填充或填充数据框

我正在寻找类似于 bedtools subtract 但带有数据框的东西。例如，假设我在这里将范围作为数据框：开始结束值 0 100 个人我还有另一个数据框，它是如此......

r dplyr bioinformatics plyr

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使用 statsmodels 在 python 中计算类内相关系数

我正在使用 statsmodels.formula.api.mixedlm 来计算类内相关系数和其他指标。我的数据集非常简单，它包含一个特征值、一个访问日期和一个主题 ID...

python linear-regression bioinformatics statsmodels mixed-models

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如何在 COVID 输入 fasta 上运行最新的 Docker 版本的 Nextclade？

我尝试运行以下 Shell 代码： sudo docker run -it --rm nextstrain/nextclade:latest nextclade run --dataset-name 'sars-cov-2' - -output-all covid19.fasta # fasta 文件有我想要的数据...

docker bioinformatics google-genomics nextstrain

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核苷酸比较程序卡方部分的KeyError问题

前言：我添加的照片不是真实的患者数据，只是用于测试的示例我正在创建一个生物信息学程序，它将获取患者核苷酸调用的结果并将其与

python numpy scipy statistics bioinformatics

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如何在Cytoscape中按氨基酸类型自动化或快速设置表格样式（细胞背景油漆）？

我正在 Cytoscape 中可视化相关肽序列的网络。氨基酸序列被分成几列（即 Col1：氨基酸 1，Col2，氨基酸 2，Col3：氨基酸 3，等等），我想......

java bioinformatics cytoscape

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计算不包含特定单词的特定行数。

请问我有个问题，我有一个文件是这样的@HWI-ST273:296:C0EFRACXX:2:2101:17125:1453251 TTAATACCCAACCAGAAGTTAGCTCCTCCT 我有一个文件是这样的 @HWI-ST273:296:C0EFRACXX:2:2101:17125:1453251 TTAATACACCCAACCAGAAGTTAGCTCCTTCACTTTCAGCTAAATAAAAG + 8?8A;DDDDD;@?++8A?;C;F92+2A@19:1*1?DDDECDE?B4:BDEEI ...。

grep bioinformatics biopython

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Bcbio-gff 文件创建问题

当使用GFF.write()创建文件时，我得到了一个以 "注释备注 "为源的新行，后面是序列区域的ASCII编码。##gff-version 3 ##sequence-region NC_011594.1 1 16779 ... ...

python bioinformatics biopython gff

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在Python中匹配字典值并生成一个输出，无论它们是否匹配。

我现在的情况是，我组装了一个5个DNA序列的列表。我写了一个小的循环，一次一个地通过密码子位点。从这里我生成了一个字典，告诉我什么... ...

python python-3.x dictionary pattern-matching bioinformatics

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如何从GEO数据库中提取单细胞RNA测序数据？

我是R和计算生物学的新手。我正试图通过一个已发布的数据集来检查我自己的项目的基因表达。我很难找到材料来教我如何 ...

r bioinformatics bioconductor ncbi

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永无止境的循环？无法让python停止运行

当我试着运行这段代码时，它从来没有完成过，我认为它卡在某个地方，但我不太确定，因为我是python新手。 import re codon = [] rcodon = [] dataset = "...

python loops bioinformatics biopython

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利用R计算特定域区域的基因频率

我正在研究植物的基因组拓扑学，以便了解核基因组的组织比较化。我想知道一种快速计算基因密度的方法，在特定的 ...

r ggplot2 methods bioinformatics density-plot

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如何使用sys.args[]或getopts通过Python运行对齐命令？

我如何通过python使用sys.args[]或getopts运行 "MAFFT "对齐？我想通过python自动完成一个对齐，这样我就不用使用独立的命令行MAFFT多 ...

python alignment bioinformatics seq

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在Python和Biopython中运行BLAST来检测SARS病毒。我的输出根本没有显示出来! 有人检查我的代码吗？

以下是我的代码： from Bio.Blast import NCBIWWW result = NCBIWWW.qblast("blastn", "nt",r "C:\Users\video\Documents\sars.fasta") save_file = open("blast4.xml", "w") save_file.write(result......)

xml bioinformatics biopython blast sparse-file

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如何删除每行变量数字前后的所有内容？

我是真正的新手，我需要重命名文件中的所有序列头，如下所示：从这个格式：>D915_04184转录本=D915_04184基因=D915_04184只包含序列ID在......

sed replace bioinformatics

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Field ...

我得到的是：我所期望的。

mysql sql linux unix bioinformatics

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如何在r中删除一列中的特定字符？

我有一个ID的数据集： VARIANT_ID 01_1254436_A_G_1 02_2254436_A_G_1 03_3255436_A_G_1 10_10344745_A_G_1 11_11256437_A_G_1 11_11343426_A_G_1 12_12222431_A_G_1 14_14200436_A_G_1 ...。

r string dataframe bioinformatics

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