bioinformatics 相关问题

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错误地删除了过度代表的序列。TypeError: coercing to Unicode: need string or buffer, NoneType found.

Hi I am running this python script to remove over-representative sequences from my fastq files, but I keep getting the error. 我是新来的bioinfomatics，一直按照一套固定的流水线......。

bioinformatics genome

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如何在R中根据另一个数据集的条件替换特定的行？

我有2个遗传数据集，看起来像： dataset1: ID Chr Ref Alt 1:10000476 NA NA 1:10081736 NA NA 1:100829685 NA NA 1:100829720 NA NA NA 10:1008338 NA NA NA ...。

r dataframe data.table bioinformatics

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如何在数据框架的单元格中使用R发现短语？

有一个像'df'这样的data.frame，我想在列'bio_process'的每个单元格中发现这个确切的短语 "角质化[GO:0031424]"。之后，我想用'ID'创建一个新的向量...。

r bioinformatics

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在PHP中为外部URL添加变量

我想把我设置的变量添加到外部链接中。例如，我想把我设置的变量添加到外部链接中。这是外部链接 https:/genome.ucsc.educgi-binhgTracks?hgsid=836970973_rJGr4Hntud9tPwgMncRaiAnedvci&org=D.+... ...

php html url phpmyadmin bioinformatics

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如何解决Java Not-class-found Exception？

I'm new in bioinformatics and I'm trying to run a pipeline that uses the program FastQC v0.11.3. I downloaded the program locally on linux. 我把程序下载到本地的linux服务器上（没有sudo权限）。据我所知，FastQC是一个 ...

java python bioinformatics fastq

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有没有一个函数可以计算给定对齐参数的对齐序列的得分？

我尝试对已经对齐的序列进行打分。

python bioinformatics biopython

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将hmmer --tblout输出转换为pandas数据框。

有没有办法把hmmer的输出转换成pandas的数据框？我也不知道如何通过Bio模块将hmmer tblout表加载到python中。我相信你可以用SeqIO调用hmmer格式......。

python pandas dataframe bioinformatics biopython

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python脚本在1分钟后停止在终端上运行。

我的python脚本遇到了一个问题。我在我的机器上使用Ubuntu作为第二个操作系统，我已经写了一个python代码来输出关于一些蛋白质的不同信息。

python pandas bioinformatics

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使用beautifulsoup和Python3进行网络搜刮(蛋白质数据库)高度嵌套标签。

我想根据RSPB上的高级搜索查询，创建一个CSV文件，其中包括所有蛋白质的名称，它们的PDB（蛋白质数据库）Ids，以及实验方法。搜索URL的链接是这样的。URL ...

python python-3.x web-scraping beautifulsoup bioinformatics

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用python从字典中计算蛋白质组的起始和终止位置。

我正在使用python来分析和编辑我从一个蛋白质数据库中得到的一些信息，我的数据库里有这样的输出：NC_018142.1_1102_ID=1_1102 (**1277003**, 1279534, 4, 'CAS-II-C 0.64'. 有一个字典的输出：NC_018142.1_1102_ID=1_1102 (**1277003**, 1279534, 4, 'CAS-II-C 0.64'...

python bioinformatics

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如何在R上重命名列内的项目？

如何将列L1中的项目即R上的1,2,3,4,5,6,7重命名为A,B,C,D,E,F,G，logFC变量值L1 17 0.6629950 geneID ftsE 1 39 1.1672554 geneID ftsE 2 61 -0.3932697 geneID ...

r ggplot2 bar-chart bioinformatics mutate

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我如何使用自定义的度量（集合距离）来构建一个对偶距离矩阵？

我想创建一个程序，从我对集合的计算结果中计算出一个距离矩阵。这些集合的数据来自一个文件。这是Marczewski-Steinhaus记录。I ...

python matrix data-science bioinformatics

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在Snakemake中，通配符中的通配符。

我最近开始使用Snakemake。我想实现的是这样的目标。我有一些需要独立修改的样本（规则index_vcf）。然后，样本组是输入 ...